被告不配合鉴定，可能会承担一系列不利的法律后果，这些后果根据诉讼类型及具体情况的不同而有所差异。以下是对此问题的全面分析：
一、民事案件中的法律后果
推定对方主张成立：
- 在民事诉讼中，若鉴定对于查明案件事实至关重要，被告无正当理由拒绝配合鉴定，法院可能根据《民事诉讼法》及相关证据规则，推定原告关于鉴定相关的事实主张成立。例如，在合同纠纷中，若原告申请对合同标的物的质量进行鉴定，而被告拒绝，法院可能会支持原告关于标的物质量不符合约定的主张。
丧失举证机会与承担不利事实认定：
- 被告不配合鉴定，将丧失通过鉴定来支持自己主张或反驳对方主张的机会。同时，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，被告若拒绝鉴定，可能导致其对争议事实承担举证不能的法律后果，即法院可能认定被告未能提供充分证据支持其主张，从而作出对被告不利的判决。
鉴定意见可能不被采纳（但此情形更多针对配合后鉴定程序问题）：
- 通常情况下，若被告不配合导致鉴定无法进行，则不存在鉴定意见被采纳的问题。但若被告在鉴定过程中部分配合，后因故拒绝继续配合，且已完成的鉴定部分存在程序问题或证据不足，那么该鉴定意见可能因被告的不配合行为（间接影响）而不被法院采纳。不过，更直接的是，被告的不配合往往导致鉴定无法完成，从而法院无法依据鉴定意见作出判决。
影响案件审理进度和结果：
- 鉴定结论是法院审理案件的重要依据。被告不配合鉴定将影响案件的审理进度，因为法院可能需要花费更多时间来调查其他证据或进行其他程序。同时，这也可能影响法院对事实的认定和最终判决，因为缺乏关键鉴定意见可能导致法院难以准确判断案件事实。
法院可采取强制措施：
- 法院有权对被告采取训诫、罚款等强制措施，以促使其配合鉴定。在极端情况下，如被告持续拒绝配合且无正当理由，法院可能面临更严厉的司法制裁考虑，尽管直接拘留等强制措施在民事诉讼中较为罕见，但训诫和罚款是常见的督促手段。
法院强制鉴定：
- 在某些情况下，尽管被告不同意，但法院认为鉴定必要时，可依职权决定进行鉴定，并要求被告配合。这通常发生在鉴定对于案件事实查明具有关键作用，且被告无正当理由拒绝配合时。
二、刑事案件中的法律后果
影响证据的采信和案件认定：
- 在刑事诉讼中，鉴定意见是重要证据之一。被告不同意鉴定可能影响证据的收集和采信，进而影响案件的定罪量刑。例如，在故意伤害案中，若被告拒绝进行伤情鉴定，可能导致法院难以准确判断伤害程度，从而影响量刑。
可能被视为妨碍司法程序：
- 若鉴定涉及关键定罪量刑事实，被告拒绝配合可能被视为妨碍司法程序。这在量刑时可能被作为酌定从重处罚的情节，因为被告的不配合行为显示了其对法律的不尊重和对司法程序的干扰。
侦查机关可依法采取强制措施：
- 在特定情况下，如涉及严重犯罪且鉴定对于案件事实查明具有关键作用时，侦查机关有权依法采取强制检查等措施，以确保鉴定的顺利进行。这通常发生在被告拒绝配合且无正当理由时。
三、行政诉讼中的法律后果
不利的事实推定：
- 在行政诉讼中，若被告（通常指行政机关）不同意鉴定且该鉴定对审查行政行为合法性具有重要意义，法院可能会作出对被告不利的事实推定。例如，在行政处罚案件中，若原告申请对违法物品进行鉴定以证明其合法性，而被告拒绝，法院可能会推定该物品为违法物品。
承担败诉风险：
- 如被告因不同意鉴定导致案件事实无法查清，且根据法律规定应承担举证责任（在行政诉讼中，通常由被告即行政机关承担举证责任），那么被告可能会因此承担败诉的风险。因为法院无法依据充分证据判断行政行为的合法性时，往往会倾向于保护相对人的合法权益。
建议：被告应充分认识到鉴定在诉讼中的重要性，并积极配合鉴定工作。若对鉴定有异议或担忧，应及时向法院提出并说明理由，以便法院能够合理安排鉴定程序并保障被告的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。