合同中有5%质保金的情况下，开发票需根据合同约定及实际交易情况处理，具体如下：

1. 若合同明确约定质保金对应的发票开具时间
   例如合同约定“验收合格后开具全额发票，但质保金部分待质保期满后支付”，此时应按合同执行：

   • 验收合格时：先开具除质保金外的95%金额发票；
     
   • 质保期满后：若买方支付剩余5%质保金，再开具该部分发票（或根据税务规定合并开具，但需在账务上区分）。
     法律依据：根据《增值税暂行条例》第十九条，增值税纳税义务发生时间为收讫销售款项或取得索取销售款项凭据的当天，合同约定可视为“取得索取款项凭据”的依据。

2. 若合同未明确约定质保金发票开具时间
   需结合交易习惯和税务实践处理：

   • 保守做法：验收合格时开具全额发票（含质保金），但通过“应收账款”科目挂账5%质保金，待质保期满后冲减收入或转为其他应收款。此方式符合“权责发生制”，但可能提前缴纳增值税；
     
   • 灵活做法：与买方协商，验收合格时先开95%发票，剩余5%待质保期满后开具。需注意：
     
     • 若买方为一般纳税人，可能要求全额发票用于抵扣；
       
     • 需在合同中补充约定“质保金部分发票开具时间”，避免税务风险。
       风险提示：若未开具全额发票，税务机关可能以“实际收款”或“合同金额”认定纳税义务，导致补税风险。

3. 质保金退还或扣除的发票处理

   • 质保金退还：若质保期满后买方退还质保金，卖方需开具红字发票（若之前已开具全额发票）或无需额外处理（若未开具质保金部分发票）；
     
   • 质保金扣除：若因质量问题买方扣除部分质保金，卖方需按实际收到金额开具发票，并留存扣款依据（如维修记录、双方确认书）备查。
     操作建议：在合同中明确“质保金扣除条件及金额确认方式”，避免纠纷。

总结建议：

• 优先在合同中明确质保金发票的开具时间、方式及退还/扣除规则；
  
• 若合同未约定，建议与买方协商分阶段开票，并签订补充协议；
  
• 无论何种方式，均需保留合同、验收单、付款记录等证据，以应对税务检查或纠纷。
  

如有具体合同条款或交易细节需进一步分析，可直接向我咨询。