不配合竣工验收的违约金计算方式需根据合同约定及法律规定综合判断，具体分以下两种情况分析：

1. 合同有明确约定时
   若双方签订的合同中已明确约定“不配合竣工验收的违约金计算标准”（如按日支付合同总价款的0.1%，或固定金额等），则优先适用合同约定。但需注意：

   • 违约金上限：根据《民法典》第585条，若约定的违约金过分高于实际损失（通常为超过损失的30%），违约方可请求法院或仲裁机构调低；若低于实际损失，守约方可请求增加。
     
   • 举证责任：主张调整违约金的一方需提供证据证明实际损失（如延期验收导致的租金损失、工期延误罚款等）。
     

2. 合同未约定或约定不明时
   若合同未约定违约金，守约方可主张实际损失赔偿，计算方式包括：

   • 直接损失：如因对方不配合导致重新组织验收的费用、第三方检测费用等；
     
   • 间接损失：如工程延期导致的业主索赔、商业机会丧失等（需证明损失与违约行为的因果关系）。
     
   • 参考标准：部分地区法院可能参考行业惯例或类似案例，但无强制效力。
     

操作建议：

• 审查合同：优先核对合同中“违约责任”条款，明确约定内容；
  
• 固定证据：保存不配合行为的证据（如书面通知、沟通记录、验收阻碍现场照片等）；
  
• 协商或诉讼：先尝试协商解决，若协商不成，可依据合同或实际损失向法院起诉，主张违约金或赔偿。
  

提示：违约金条款需兼顾“惩罚性”与“补偿性”，建议签订合同时明确约定计算方式，避免纠纷。若需进一步分析具体条款或损失计算，可直接向我咨询。