违约金的具体计算方式需依据合同中的明确约定来执行。若合同中已详细规定了未按时支付工程进度款时违约金的计算方法，那么双方应严格按照该约定来履行。以下是从不同角度对违约金计算问题的详细分析：

1. 合同有明确约定的情况：

   • 如果合同中明确规定了违约金的计算方式，比如按照未支付金额的每日万分之几来计算，或者规定了固定的违约金数额，那么双方应直接按照合同约定来执行。
   • 在这种情况下，违约方需按照约定的计算方式向守约方支付相应的违约金。

2. 合同未明确约定或约定不明的情况：

   • 如果合同中没有明确规定违约金的计算方式，或者规定得不够明确，那么双方可以协商确定一个合理的违约金数额。
   • 协商不成时，可以依据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，由法院或仲裁机构根据实际情况来判定违约金的数额。这通常会考虑到违约方的过错程度、守约方的实际损失以及合同的履行情况等因素。

3. 违约金调整的情况：

   • 如果约定的违约金低于实际造成的损失，守约方可以请求法院或仲裁机构予以增加，以弥补其实际损失。
   • 反之，如果约定的违约金过分高于实际造成的损失，违约方也可以请求法院或仲裁机构予以适当减少，以体现公平原则。

建议：

• 在签订合同时，双方应尽可能明确、具体地约定违约金的计算方式，以避免后续产生争议。
• 如果发生违约情况，双方应首先尝试通过协商来解决问题，如果协商不成，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。
• 在处理此类纠纷时，建议保留好相关证据，如合同、付款记录、沟通记录等，以便在需要时能够证明自己的主张。

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