核心结论：劳务派遣使用残疾人计入用工单位的具体认定，主要依据派遣协议约定、实际用工管理情况以及相关法律法规规定，需从派遣协议条款、用工管理事实、法律责任归属三个关键角度综合判断。以下是具体分析：

1. 派遣协议条款的明确约定是首要依据

根据《劳务派遣暂行规定》及《残疾人就业条例》，用工单位与劳务派遣单位签订的派遣协议中，必须明确约定派遣岗位、人员数量、劳动报酬、社会保险等核心条款。若协议中明确约定“派遣残疾人员工至用工单位从事特定岗位工作，且用工单位承担其工资、社保等费用”，则该残疾人员工应直接计入用工单位的残疾人用工比例。
关键点：协议需明确残疾人员工的派遣目的（如“满足用工单位残疾人就业比例要求”）、岗位性质（如“专岗专用”）及费用承担方，避免模糊表述导致认定争议。

2. 实际用工管理事实是核心判断标准

即使派遣协议有约定，若用工单位未实际履行管理职责，仍可能被认定为“形式派遣”。根据《劳动合同法》第62条，用工单位需对派遣员工进行日常管理、工作安排、考核监督。若残疾人员工：

• 工作场所：长期在用工单位固定场所工作；
  
• 工作内容：接受用工单位直接指令，完成其业务组成部分的任务；
  
• 考核与薪酬：由用工单位制定考核标准并决定薪酬调整；
  则该员工应被认定为用工单位实际用工，其残疾人身份可计入用工单位比例。
  反例：若残疾人员工仅在用工单位短暂协助，或由劳务派遣单位直接管理（如工资发放、考勤记录），则可能不被计入。

3. 法律责任归属影响认定结果

根据《残疾人就业保障金征收使用管理办法》，用工单位未按规定比例安排残疾人就业的，需缴纳保障金。若劳务派遣残疾人员工的认定存在争议，税务或残联部门会重点审查：

• 费用承担：用工单位是否实际支付残疾人员工的工资、社保及一次性就业补助金等；
  
• 风险承担：若残疾人员工发生工伤或劳动纠纷，用工单位是否承担主要责任；
  
• 备案材料：用工单位是否向残联备案派遣残疾人员工信息，并提交派遣协议、工资发放记录等证明材料。
  提示：用工单位应保留完整的派遣协议、工资流水、考勤记录、工伤处理文件等证据，以备核查。

4. 特殊情形：逆向劳务派遣的认定

若用工单位先将自有员工转为劳务派遣身份，再通过派遣单位“回流”至原岗位（即“逆向派遣”），且该员工为残疾人，则：

• 司法实践倾向：法院可能认定用工单位通过派遣形式规避残疾人就业义务，该员工仍应计入用工单位比例；
  
• 风险规避：用工单位应避免此类操作，确保派遣行为符合“临时性、辅助性、替代性”的合法性要求。

建议：用工单位若需通过劳务派遣使用残疾人，应：

1. 在派遣协议中明确约定残疾人用工条款；
   
2. 保留实际用工管理的完整证据；
   
3. 及时向残联备案并咨询当地政策（如部分地区对派遣残疾人用工有额外比例要求）。
   如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。