关于公司以个人名义进行罚款的合法性问题，这确实是一个涉及劳动法权益的重要议题。以下是对此问题的详细解答：
一、公司罚款的一般不合法性
在我国法律体系中，公司直接对员工进行罚款通常是不合法的。这主要基于以下几点原因：
法律依据的缺失：自《企业职工奖惩条例》废止后，现行法律并未明确授予用人单位对员工进行罚款的权力。罚款本质上属于克扣工资的行为，而公司在没有法律授权的情况下，无权对员工进行此类操作。
公司非执法机关的身份：罚款作为一种行政处罚措施，其实施主体只能是具有相应执法权的行政机关。公司作为企业法人，并不具备行政执法权，因此无权对员工进行罚款。
员工财产权的保护：劳动者的财产权受法律严格保护，任何单位或个人都不得非法侵犯。在没有明确法律依据或合同约定的情况下，公司对员工进行罚款将构成对劳动者财产权的侵害。
二、特殊情况下公司要求赔偿的合法性
尽管公司一般无权罚款，但在某些特殊情况下，公司要求员工承担一定的经济责任却是合法的。这主要体现在以下两个方面：
员工造成经济损失：根据《工资支付暂行规定》第十六条，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求劳动者赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违反保密协议或竞业限制协议：若员工违反与公司签订的保密协议或竞业限制协议，公司可依据协议条款要求员工承担违约责任，并支付相应的违约金。
三、公司管理员工的合法建议
为了避免直接罚款可能带来的法律风险，公司可以采取以下合法措施来管理员工行为：
制定合法合理的规章制度：公司应制定经过民主程序制定、内容不违反法律法规强制性规定，并已向员工公示或告知的规章制度。这些规章制度可以明确员工的行为规范和违规处理措施，但应确保处罚程度适当，不过度加重员工负担。
采取纪律处分措施：对于违反规定的员工，公司可以进行警告、记过、降级、撤职等纪律处分，而非直接进行罚款。
依法解除劳动合同：在严重情况下，如员工严重违反公司规章制度或造成重大损失，公司可以依法解除劳动合同。
加强员工培训和教育：通过培训和教育提升员工的合规意识和职业素养，减少违规行为的发生。
四、员工权益保护
作为员工，也应了解自己的权益。如遇公司不合法罚款或扣工资的情况，员工有权通过协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
综上所述，公司以个人名义进行罚款在一般情况下是不合法的。但在特定条件下，如员工造成经济损失或违反相关协议时，公司要求员工承担赔偿责任则是合法的。公司应通过制定合法合理的规章制度和劳动合同约定来规范员工行为，并采取合法的替代措施来管理员工。同时，员工也应积极了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自身权益。