针对您提出的“普通行政公文不合法性怎么处理”的问题，首先需要明确的是，当前规范党政机关公文处理工作的主要依据是《党政机关公文处理工作条例》，该条例自2012年7月1日起施行，并已明确废止了之前的《国家行政机关公文处理办法》。
一、确认公文合法性的依据
在处理行政公文时，首要任务是确认公文是否符合《党政机关公文处理工作条例》的相关规定。这包括公文的种类、格式、行文规则、拟制与办理流程等各个方面。只有严格遵循这些规定，才能确保公文的合法性和有效性。
二、发现公文不合法性的处理流程
初步审查：
- 在收到公文后，首先进行初步审查，检查公文是否符合基本的格式要求，如标题、文号、签发人、正文、附件、落款等是否齐全且规范。
- 审查公文内容是否与业务相关，是否存在越权行文、违规行文等情况。
详细核查：
- 若初步审查发现公文可能存在问题，应进一步详细核查公文的具体内容，包括政策依据、事实依据、数据来源等。
- 核对公文中的引用法规、政策是否准确无误，是否为最新版本。
沟通确认：
- 若在核查过程中发现公文确实存在不合法性，应及时与发文单位或相关责任人进行沟通，说明问题所在，并要求其进行修正或补充。
- 在沟通时，应保持客观、公正的态度，提供充分的依据和理由，以便发文单位能够理解并接受修正建议。
记录与报告：
- 对处理不合法公文的过程和结果进行详细记录，包括沟通时间、内容、结果等。
- 若不合法公文涉及重要事项或可能产生较大影响，应及时向上级领导或相关部门报告，以便采取进一步措施。
三、预防不合法公文产生的措施
加强培训：
- 定期对公文处理人员进行培训，提高其对公文处理规定、政策法规的理解和掌握程度。
- 培训内容应包括公文格式、行文规则、拟制与办理流程等各个方面。
建立审核机制：
- 建立严格的公文审核机制，确保公文在发出前经过多道审核程序，减少不合法公文的出现。
- 审核人员应具备丰富的公文处理经验和政策法规知识，能够准确判断公文的合法性和有效性。
利用技术手段：
- 利用现代技术手段，如公文处理系统、电子签章等，提高公文处理的效率和准确性。
- 通过技术手段对公文进行自动校验和提醒，减少人为错误和不合法公文的出现。
四、后续关注与建议
鉴于法律法规可能会随着时代的发展和行政工作的需要进行修订或更新，建议定期访问政府官方网站或查阅相关法律法规数据库，以确保所参考的是最新且有效的版本。同时，加强与相关部门的沟通与协作，共同维护公文处理的合法性和规范性。
综上所述，处理普通行政公文不合法性的关键在于严格遵循《党政机关公文处理工作条例》的相关规定，加强培训、建立审核机制、利用技术手段等措施来预防不合法公文的出现，并在发现问题时及时沟通确认、记录报告。