结论：按甲方付款比例付款是否合法，需根据具体合同条款、交易习惯及法律规定综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先原则

• 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百六十五条，依法成立的合同，受法律保护，对当事人具有法律约束力。若合同中明确约定“按甲方付款比例付款”，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该条款合法有效，双方应按约定履行。
• 示例：若甲乙双方签订买卖合同，约定“甲方支付30%货款后，乙方交付货物；甲方支付剩余70%货款后，乙方开具发票”，此类按比例付款的条款，只要双方自愿达成，即合法有效。

2. 交易习惯与公平原则

• 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第六条，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。若合同未明确约定付款比例，但按行业交易习惯或双方过往交易模式，存在按比例付款的惯例，且该比例合理、公平，不损害一方利益，则可能被认定为合法。
• 示例：在建设工程合同中，按工程进度分阶段付款是常见做法，若合同未明确比例，但双方按“基础完工付30%、主体封顶付50%、竣工验收付20%”等习惯履行，且无争议，则可能被认定为合法。

3. 潜在法律风险与限制

• 风险点：若按比例付款的条款显失公平（如甲方付款比例过低，导致乙方资金压力过大），或违反法律强制性规定（如需预付款但未约定），则可能被认定为无效或可撤销。
• 示例：若合同约定“甲方仅支付10%货款，乙方需交付全部货物”，且乙方无担保措施，此类条款可能因显失公平被撤销；若合同涉及需预付款的特定交易（如定金合同），但未约定预付款比例或金额，则可能因违反《民法典》第五百八十六条（定金数额不得超过主合同标的额的20%）而无效。

4. 实务建议

• 明确条款：签订合同时，应明确约定付款比例、时间、条件及违约责任，避免模糊表述。
• 评估风险：结合交易习惯、行业惯例及自身资金状况，评估按比例付款的合理性及风险。
• 法律审查：对重大合同或复杂交易，建议提前咨询律师，确保条款合法、有效且可执行。

总结：按甲方付款比例付款的合法性需结合合同约定、交易习惯及法律规定综合判断。若条款明确、合理且不违反法律强制性规定，则合法有效；反之，可能存在法律风险。如有具体合同或交易场景，可进一步向我咨询，我将结合实际情况提供专业分析。