根据甲方拨款比例付款是否合法，取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 在商业合作中，双方通常会签订书面合同，明确各自的权利和义务，包括付款条件、付款比例、付款时间等。
   • 如果合同中明确约定了根据甲方拨款比例进行付款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是合法的，双方应当遵守。

2. 法律法规的约束：

   • 在某些特定行业或领域，可能存在法律法规对付款比例或付款方式的特定要求。
   • 例如，在建筑工程领域，可能规定工程进度款的支付比例和支付时间，以确保施工方的合法权益。
   • 如果合同中的付款约定违反了相关法律法规的强制性规定，那么该约定将无效，双方应当按照法律法规的要求执行。

3. 实际履行中的考量：

   • 即使合同中约定了根据甲方拨款比例付款，但在实际履行过程中，双方也应当考虑实际情况和公平原则。
   • 如果甲方无故拖延拨款或未按约定比例付款，可能会构成违约，乙方有权要求甲方承担违约责任。

4. 建议与注意事项：

   • 在签订合同时，双方应当充分协商并明确付款条件、付款比例和付款时间等关键条款。
   • 如果对合同条款存在疑问或不确定之处，建议咨询专业律师进行审查和指导。
   • 在合同履行过程中，双方应当保持沟通并及时解决可能出现的问题，以确保合同的顺利履行。

综上所述，根据甲方拨款比例付款是否合法取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。在签订和履行合同时，双方应当充分考虑实际情况和公平原则，并遵守相关法律法规的要求。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。