桩基工程单独发包并非绝对合法或非法，其合法性取决于是否符合相关法律法规、是否遵循了正确的发包程序，以及是否满足工程本身的特性和合同要求。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
专业工程单独发包：
- 根据《建筑法》和《建设工程质量管理条例》，若桩基工程属于专业性强、技术要求高的独立工程，且建设单位依法将其单独发包给具有相应资质条件的承包单位，则此行为通常被视为合法。例如，在大型工业建设项目中，桩基工程因其专业性和独立性，常被单独发包给专业的桩基施工企业，只要该企业具备相应的专业承包资质，此发包行为即符合法律规定。
总承包合同有明确约定：
- 若建设单位与施工总承包单位在签订的总承包合同中明确约定了桩基工程可以单独发包，并后续遵循了法定的发包程序，那么该单独发包行为也是合法的。这种情况下，单独发包是基于双方的合同约定，且不违反法律法规的强制性规定。
不合法情况
肢解发包：
- 《建筑法》第二十四条明确规定禁止将建筑工程肢解发包。若建设单位为了规避法律或其他不当目的，将原本应作为主体工程一部分的桩基工程强行单独拆分出来发包，破坏了工程的整体性和连贯性，则构成肢解发包的违法行为。这种行为不仅违反了法律法规，还可能对工程质量和安全造成严重影响。
承包单位无资质：
- 即使桩基工程被单独发包，若承包单位不具备相应的资质条件，则该发包行为同样是非法的。根据相关规定，从事建筑活动的单位必须具备相应的资质等级，并在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。否则，将面临工程质量无法保证、安全隐患突出等问题，同时也违反了法律法规的强制性规定。
其他注意事项
- 地方政策差异：不同地区的行政主管部门可能对桩基工程单独发包有不同的规定或解释。因此，在实际操作前，建设单位应了解并遵守当地的具体政策，以确保发包行为的合法性。
- 风险防控：无论桩基工程是否单独发包，建设单位都应确保承包方具备相应的资质和能力。双方应签订详细的合同以明确各自的权利和义务，并做好工程质量和安全的监管工作。这有助于降低工程风险，确保工程顺利进行。
综上所述，桩基工程单独发包的合法性需根据具体情况进行综合判断。在实际操作中，建议建设单位在发包前咨询专业的法律人士或相关机构，以确保所有操作均符合法律法规的要求。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。