倒班休息扣工时是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法情形
劳动合同或规章制度明确约定：
- 如果劳动合同中明确约定了倒班休息期间不计入工时，或者公司规章制度中有此类规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定或规定扣工时可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。如果双方在劳动合同中明确约定了倒班休息不计工时，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定是有效的。
符合行业惯例或特殊工时制度：
- 在某些特殊行业或岗位，如医疗、交通、能源等，由于工作性质的特殊性，可能需要实行不定时工作制或综合计算工时工作制。在这些制度下，倒班休息可能被视为工作时间的合理调整，扣工时可能被视为合法。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。这包括不定时工作制和综合计算工时工作制。
二、不合法情形
未经劳动者同意或违反法律法规：
- 如果公司未经劳动者同意，擅自扣减倒班休息期间的工时，或者扣减工时的方式违反了法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班工资支付等，那么这种行为是不合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。如果倒班休息被错误地视为加班而未支付相应工资，或者扣减工时导致劳动者工资低于最低工资标准，那么公司的行为就是违法的。
未遵循民主程序或公示程序：
- 如果公司的规章制度中关于倒班休息扣工时的规定未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么这些规定可能对劳动者不产生法律效力，扣工时行为也可能被视为不合法。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
三、建议与措施
核查劳动合同和规章制度：
- 劳动者应首先核查自己的劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于倒班休息和工时计算的规定。
与公司协商：
- 如果认为公司的扣工时行为不合法或不合理，劳动者可以与公司进行协商，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结来说，倒班休息扣工时是否合法取决于多种因素，包括劳动合同的约定、公司规章制度的规定、行业惯例或特殊工时制度的适用以及法律法规的强制性规定等。如果你对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。