在开发商与政府达成拆迁协议后发生纠纷的情况下，民事案件的案由主要取决于纠纷的具体性质和内容。以下是从不同角度对可能案由的分析：

1. 合同纠纷：

   • 分析：若纠纷主要围绕拆迁协议的履行、解释、变更或终止等方面，如政府未按协议支付拆迁补偿款，或开发商未按协议完成拆迁工作等，此类纠纷通常被归类为合同纠纷。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，当事人之间因合同产生的权利义务纠纷，应通过合同纠纷案由进行诉讼。

2. 房屋拆迁安置补偿合同纠纷：

   • 分析：这是合同纠纷的一种具体类型，专门针对房屋拆迁过程中的安置补偿问题。若纠纷涉及拆迁补偿的标准、方式、时间等具体条款的履行或解释，且这些条款明确包含在拆迁协议中，则此案由更为贴切。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，特别是涉及房屋拆迁安置补偿的特定条款。

3. 行政协议纠纷（若涉及行政因素）：

   • 分析：虽然拆迁协议在性质上通常被视为民事合同，但在某些情况下，如政府作为拆迁方时，其行使的是行政权力，此时拆迁协议可能被视为行政协议。若纠纷涉及行政权力的行使、行政程序的合法性等问题，则可能构成行政协议纠纷。但需注意，此类纠纷在司法实践中可能更倾向于通过行政诉讼途径解决。
   • 特别说明：在大多数情况下，开发商与政府之间的拆迁协议更侧重于民事权利义务关系，因此行政协议纠纷的案由相对较少见。然而，在特定情境下（如政府单方面变更拆迁计划、未依法履行拆迁程序等），仍有可能涉及行政协议纠纷。

4. 其他相关纠纷：

   • 分析：除了上述常见的案由外，根据纠纷的具体情况，还可能涉及其他类型的纠纷，如侵权责任纠纷（如拆迁过程中造成第三方财产损失）、不当得利纠纷（如政府或开发商非法获取拆迁利益）等。但这些案由在拆迁协议纠纷中相对较少见，且通常需要结合具体案情进行判断。

建议：

• 在发生纠纷时，首先应仔细审查拆迁协议的内容，明确双方的权利义务关系。
• 根据纠纷的具体性质和内容，选择合适的案由进行诉讼。若对案由选择存在疑问，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
• 在诉讼过程中，应充分准备证据材料，以支持自己的主张。

后续行动：

• 若您面临此类纠纷，且对案由选择或诉讼程序存在疑问，可直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律分析和建议。