如果公司打算使用您的二级建造师证书，但您担心公司可能会存在违法行为，这是一个非常严肃且需要谨慎处理的问题。以下是我为您提供的详细建议：
首先，建议您与公司进行友好协商。在协商过程中，您可以明确表达您的担忧，并询问公司使用您证书的具体目的、用途以及是否涉及任何违法违规行为。通过沟通，您可以更好地了解公司的意图，并评估潜在的风险。
如果协商无果，或者您发现公司确实存在违法违规行为的迹象，那么您需要采取更进一步的措施来保护自己的权益。根据《住房和城乡建设部办公厅关于做好工程建设领域专业技术人员职业资格“挂证”等违法违规行为专项整治工作的补充通知》（建办市函〔2019〕92号）文件的相关规定，如果注册单位或个人一方反映与另一方不存在聘用关系，而另一方不予配合办理注销或变更手续的，省级住房和城乡建设主管部门可依据一方申请及其提交的解除劳动合同书面证明、劳动仲裁、司法判决等材料，直接办理注销手续。
为了应用这一规定，您需要准备以下材料：
申请报告：虽然无固定格式，但应详细说明您的情况，包括您与公司之间的聘用关系、公司使用您证书的具体情况、您的担忧以及您希望采取的措施等。
身份证复印件：作为身份验证的必要材料。
解除劳动合同书面证明、劳动仲裁或司法判决证明（如适用）：如果您已经与公司解除了劳动合同，或者需要通过劳动仲裁或司法途径来解决纠纷，那么这些证明材料将是必不可少的。
准备好上述材料后，您可以将其提交至您所在地区的省级住房和城乡建设主管部门（具体地址和联系方式可能因地区而异，但通常可以通过当地政府或相关部门的官方网站查询到）。以广西为例，您可以提交至南宁市怡宾路6号自治区政务服务中心3楼住建厅窗口，收件单位为自治区住房和城乡建设厅，联系电话为0771-5595842、5595535。
最后，我强烈建议您在处理此类问题时咨询专业的法律人士。他们可以根据您的具体情况提供更详细、更专业的法律建议，帮助您更好地保护自己的权益。同时，也请您保持警惕，及时关注公司的动态，确保自己的证书不会被用于任何违法违规行为。