车辆所有人在车辆被挂靠公司抵押的情况下起诉公司，可主张的权益主要包括以下几个方面：

1. 确认抵押无效或撤销抵押：

   • 法律依据：根据《民法典》的相关规定，抵押权的设立需基于真实、合法的债权债务关系，且抵押物需为抵押人所有或有权处分的财产。若车辆所有人能证明挂靠公司未经其同意擅自将车辆抵押，或抵押行为存在其他违法情形（如欺诈、胁迫等），则可主张抵押无效或请求法院撤销抵押。
   • 实际操作：车辆所有人需收集相关证据，如车辆所有权证明、挂靠协议、抵押合同、未经同意的抵押证明等，以证明抵押行为的违法性或未经其同意。

2. 要求挂靠公司赔偿损失：

   • 法律依据：若因挂靠公司的抵押行为导致车辆所有人遭受经济损失（如车辆价值贬损、无法正常使用车辆等），车辆所有人有权依据《民法典》中关于侵权责任的规定，要求挂靠公司承担赔偿责任。
   • 赔偿范围：赔偿范围通常包括直接经济损失（如车辆维修费用、因无法使用车辆而产生的替代交通费用等）和间接经济损失（如因车辆被抵押而错过的商业机会等）。具体赔偿金额需根据实际情况和证据进行认定。

3. 要求挂靠公司返还车辆或恢复原状：

   • 法律依据：若车辆因抵押行为被第三人占有或使用，且该占有或使用行为未经车辆所有人同意，车辆所有人有权依据《民法典》中关于物权保护的规定，要求挂靠公司返还车辆或恢复原状。
   • 实际操作：车辆所有人需证明其对车辆享有所有权，且挂靠公司的抵押行为导致其无法行使所有权。若车辆已被第三人善意取得，则车辆所有人可能无法直接要求返还车辆，但可要求挂靠公司承担相应的赔偿责任。

4. 主张挂靠协议无效或解除挂靠协议：

   • 法律依据：若挂靠协议中明确约定了车辆的所有权归属、使用方式、抵押限制等条款，且挂靠公司的抵押行为违反了这些条款，车辆所有人有权依据《民法典》中关于合同无效或解除的规定，主张挂靠协议无效或解除挂靠协议。
   • 法律后果：若挂靠协议被认定无效或被解除，挂靠公司需返还因协议取得的财产（如车辆、挂靠费用等），并可能需承担因协议无效或解除而给车辆所有人造成的损失。

在起诉过程中，车辆所有人需注意以下几点：

• 收集证据：车辆所有人需收集与案件相关的所有证据，包括车辆所有权证明、挂靠协议、抵押合同、未经同意的抵押证明、经济损失证明等。
• 明确诉讼请求：车辆所有人需在起诉状中明确其诉讼请求，包括确认抵押无效或撤销抵押、要求赔偿损失、返还车辆或恢复原状、主张挂靠协议无效或解除挂靠协议等。
• 选择合适的管辖法院：根据案件的具体情况和相关法律规定，车辆所有人需选择合适的管辖法院进行起诉。

若车辆所有人在起诉过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供详细的法律建议和帮助。