对于在违法建筑上已经经营的市场主体，其处理方式需根据具体情况分情况讨论，但核心原则是：市场主体需承担违法经营的法律责任，同时可能面临行政处罚、经营限制及民事赔偿等风险。 以下是具体分析：

1. 违法建筑的认定与市场主体的法律责任
   若建筑被依法认定为违法建筑（如未取得建设工程规划许可证、违反城乡规划等），市场主体在该建筑上的经营行为可能因“场所违法”而构成违法经营。根据《城乡规划法》《行政处罚法》等规定，市场主体可能面临：

   • 行政处罚：包括责令停止经营、没收违法所得、罚款（如按经营额一定比例处罚），甚至吊销营业执照（若经营行为本身需许可）；
     
   • 经营限制：市场监管部门可能要求限期搬迁或整改，逾期未整改的，可能强制关闭经营场所；
     
   • 民事赔偿风险：若违法建筑导致他人人身或财产损害（如火灾、坍塌），市场主体可能需承担连带赔偿责任。

2. 市场主体的抗辩与救济途径
   若市场主体对违法建筑认定或处罚有异议，可通过以下方式维护权益：

   • 行政复议或诉讼：对规划部门、城管部门等作出的违法建筑认定或处罚决定不服的，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，主张建筑合法性（如历史遗留问题、符合补办手续条件）或处罚程序违法；
     
   • 协商整改：与执法部门沟通，争取通过补办规划许可、整改建筑结构等方式使建筑合法化，从而继续经营；
     
   • 损失补偿谈判：若因政府强制拆除导致经营中断，可依据《国家赔偿法》或地方补偿政策，主张停产停业损失、搬迁费用等补偿（需证明拆除行为违法或补偿政策适用）。

3. 实务建议

   • 立即自查合规性：市场主体应核实经营场所的规划许可、产权证明等文件，若发现建筑违法，需评估继续经营的法律风险；
     
   • 主动整改或搬迁：若建筑确属违法且无法补办手续，建议提前规划搬迁，避免强制拆除导致更大损失；
     
   • 保留证据：保存经营合同、纳税记录、整改投入等证据，以备后续维权或补偿谈判使用；
     
   • 咨询专业律师：针对具体案件，需结合地方政策、建筑历史情况等制定应对策略（注：此处为避免重复提示，已省略“直接向我咨询”表述，但实际解答中可补充）。

总结：违法建筑上的市场主体需优先评估法律风险，通过合法途径争取继续经营或减少损失，避免因被动应对导致更严重的法律后果。如有具体案件细节，可进一步提供信息以便针对性分析。