工程司法审计无法鉴定时，后果的承担需根据具体情况来判定，无法一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、审计无法鉴定的原因及责任归属
资料缺失或不全：
- 若因建设单位或施工单位未能提供完整、真实的审计资料，导致审计无法进行或结果不准确，那么责任应由资料提供方承担。例如，建设单位未妥善保管工程变更记录，导致审计时无法确认变更部分的工程量，此时建设单位应承担相应责任。
审计机构能力或疏忽：
- 若审计机构因专业能力不足或疏忽大意，未能准确完成审计工作，那么审计机构应承担相应责任。这包括审计机构未按照审计规范进行操作，或未能发现明显的审计问题等。
合同约定不明：
- 若建设工程施工合同中对于审计的约定不明确，如未约定审计机构的选择、审计费用的承担、审计结果的确认方式等，那么在审计无法鉴定时，双方可能因责任归属产生争议。此时，应根据合同法的相关规定，结合双方的实际履行情况，来判定责任归属。
二、审计无法鉴定时的法律后果
协商解决：
- 在审计无法鉴定的情况下，双方应首先尝试通过协商来解决争议。这包括重新约定审计机构、补充审计资料、调整审计费用等。通过协商，双方可以达成一致意见，从而避免进一步的法律纠纷。
诉讼或仲裁：
- 若协商无果，双方可以选择通过诉讼或仲裁来解决争议。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定，来判定责任归属和赔偿金额。此时，双方应积极配合法院或仲裁机构的调查和审理工作，提供真实、完整的证据材料。
参考行业惯例或专家意见：
- 在某些情况下，法院或仲裁机构可能会参考行业惯例或专家意见来判定责任归属。例如，若审计无法鉴定是由于行业特有的技术难题导致的，那么法院或仲裁机构可能会参考行业内的专家意见，来判定双方的责任比例。
三、预防审计无法鉴定的建议
完善合同条款：
- 在签订建设工程施工合同时，双方应明确约定审计的相关条款，包括审计机构的选择、审计费用的承担、审计结果的确认方式等。这有助于减少因合同约定不明而产生的争议。
妥善保管审计资料：
- 建设单位和施工单位应妥善保管与工程审计相关的资料，包括工程变更记录、施工图纸、验收报告等。这有助于在审计时提供完整、真实的资料，确保审计结果的准确性。
选择有资质的审计机构：
- 在选择审计机构时，双方应确保审计机构具有相应的资质和经验，能够按照审计规范进行操作。这有助于减少因审计机构能力不足或疏忽大意而导致的审计问题。
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