结论：国企年底发放奖金时，部门领导以年休假休完为由扣钱，这一做法通常是不合理的。下面从多个角度进行分析说明：
一、法律角度
年休假与奖金的性质：
- 年休假是劳动者的法定休息权利，根据《劳动法》和《职工带薪年休假条例》的规定，劳动者有权享受带薪年休假，且年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。
- 年终奖则是用人单位根据自身经营状况和劳动者的工作表现，在年底时向劳动者发放的奖励性薪酬，其发放与否及发放标准通常由用人单位的规章制度或劳动合同约定。
扣钱的合法性：
- 部门领导以年休假休完为由扣钱，实际上是将年休假与年终奖的发放进行了不恰当的关联。年休假是劳动者的法定权利，与年终奖的发放无直接法律联系。
- 除非用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了“休完年休假则不发放年终奖”或类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，否则部门领导的扣钱行为缺乏法律依据。
二、实践角度
用人单位规章制度：
- 即使用人单位的规章制度中有关于年休假与年终奖发放的关联规定，也需要审查该规定是否合法、合理，并是否经过了民主程序制定和公示。
- 如果规章制度中的规定违反了法律法规的强制性规定，或者未经民主程序制定和公示，那么该规定对劳动者不具有约束力。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了年终奖的发放条件，且该条件不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位应按照劳动合同的约定发放年终奖。
- 但部门领导以年休假休完为由扣钱，仍然需要审查劳动合同中是否有相关约定，以及该约定是否合法、合理。
三、建议与措施
与用人单位沟通：
- 劳动者可以先与用人单位的人力资源部门或相关领导进行沟通，了解年终奖的发放政策和规定，以及部门领导扣钱的具体原因。
- 如果沟通无果，或者认为用人单位的做法不合理，可以进一步采取法律措施。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动者认为用人单位的做法违反了法律法规或劳动合同的约定，侵犯了自己的合法权益，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 对劳动仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
总结与进一步思考：国企年底发放奖金时，部门领导以年休假休完为由扣钱，这一做法通常缺乏法律依据和合理性。劳动者在遇到此类情况时，应首先了解用人单位的规章制度和劳动合同的约定，然后与用人单位进行沟通协商。如果沟通无果或认为用人单位的做法不合理，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。