在司法解释与条例发生冲突时，通常遵循“上位法优于下位法”“新法优于旧法”以及“特别法优于一般法”的原则进行适用，具体分析如下：
上位法与下位法的关系：
- 条例通常是由行政机关或地方政府制定的规范性文件，属于下位法；而司法解释则是由最高人民法院或最高人民检察院针对法律适用问题作出的解释，具有与法律同等的效力，可视为上位法（在特定法律体系内，针对法律适用问题的解释具有高位阶性）。
- 当条例与司法解释冲突时，应优先适用司法解释，因为司法解释在法律体系中具有更高的效力层级。
新法与旧法的关系：
- 如果条例与司法解释是在不同时间制定的，且内容存在冲突，那么应遵循“新法优于旧法”的原则。
- 通常情况下，司法解释会针对最新的法律实践问题进行解释，因此更可能反映最新的法律精神和立法意图。在这种情况下，即使条例是较晚制定的，但如果其内容与司法解释相冲突，且司法解释是基于更高层级的法律作出的，那么仍应优先适用司法解释。然而，若条例的制定是基于新的立法授权或针对特定领域作出了更详细的规定，且这些规定与司法解释不直接冲突（而是对同一问题的不同方面进行了规定），则需要结合具体情况进行综合判断。但严格来说，这并不构成直接的“新法与旧法”冲突，而是需要运用其他法律适用原则。
特别法与一般法的关系：
- 在某些情况下，条例可能是针对特定领域或特定问题制定的特别法，而司法解释则可能是针对一般法律适用问题作出的解释。
- 如果条例作为特别法，对特定问题作出了与司法解释不同的规定，且这些规定不违反上位法（如法律、行政法规）的原则和精神，那么在该特定领域或问题上，应优先适用条例。但这种情况较为特殊，且需要严格审查条例的合法性和合理性。在大多数情况下，司法解释作为对法律适用问题的权威解释，其效力会覆盖一般性的条例规定。
实际应用中的注意事项：
- 在处理司法解释与条例的冲突时，应首先审查两者的效力层级和制定主体，确定是否存在上位法与下位法的关系。
- 如果两者效力层级相同或相近，且内容存在冲突，则应结合新法与旧法、特别法与一般法的原则进行综合判断。
- 在任何情况下，都应确保所适用的规范性文件不违反上位法（如法律、行政法规）的原则和精神。
- 如果无法确定应适用哪个规范性文件，或者认为两者均存在合法性问题，建议向相关立法或司法机关寻求指导或进行合法性审查。