合同约定延期90日交房免责是否合法，并非一概而论，而是需要依据具体情况进行综合判断。关键在于该条款是否双方自愿、公平合理，且不违反法律法规的强制性规定。以下从多个角度为您详细分析：
一、一般情况下合同约定的有效性
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权依法自愿订立合同，并按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在房地产交易中，如果合同中约定的延期90日交房免责条款是双方当事人真实的意思表示，且不存在欺诈、胁迫等情形，同时该条款也不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这样的约定通常是有效的。这有助于平衡买卖双方在面临非自身原因导致的工程延误（如极端天气、政府政策调整）时的利益。
二、可能导致约定无效的情况
显失公平：
- 如果合同中约定的延期90日交房免责条款导致双方权利义务明显失衡，违反了公平、等价有偿原则，例如开发商频繁延误工期却依据免责条款逃避责任，而购房者因此遭受重大损失却无法获得赔偿，那么该条款可能会被认定为显失公平，从而被撤销或认定为无效。
排除购房者主要权利：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十七条，如果开发商利用格式条款不合理地免除或减轻自身责任、加重购房者责任、限制购房者主要权利（如按时取得符合质量标准的房屋的权利），那么该格式条款无效。
开发商故意或过失：
- 如果开发商因自身原因（如管理不善、资金问题等）导致延期交房，并试图通过免责条款规避责任，这可能构成违约甚至欺诈。在这种情况下，即使合同中有免责条款，开发商也可能需要承担法律责任。
法律法规的限制：
- 某些地区的消费者权益保护法规可能对商品房买卖合同中的免责条款进行特别规定，限制其效力。如果免责条款违反了这些特定法规，那么它可能会被视为无效。
三、实际操作建议
对于购房者而言：
- 在签订合同时，应仔细审查免责条款的内容，确保其公平合理且不违反法律法规。如有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见。
- 在合同履行过程中，如果发生争议或纠纷，应及时寻求法律援助以维护自己的合法权益。
对于开发商而言：
- 应谨慎制定免责条款，确保其符合法律法规的要求，避免因此引发不必要的法律风险和纠纷。
- 在制定免责条款时，应充分考虑购房者的利益，确保条款的公平性和合理性。
总结来说，合同约定延期90日交房免责的合法性取决于多种因素的综合考量。在实际操作中，双方应秉持公平、合理的原则进行协商和履行，以确保合同的合法性和有效性。如果您在房产交易中遇到任何法律问题或纠纷，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。