针对您提出的“一个项目批复两个单项工程不在同一个行政管辖地竣工验收该怎么办”这一问题，我的结论是：可以通过分别组织竣工验收、协调行政管辖部门、确保验收标准统一以及完善验收文件与备案等方式来处理。以下是具体分析：

1. 分别组织竣工验收：

   • 由于两个单项工程位于不同的行政管辖地，因此可以分别按照各自所在地的相关规定和程序组织竣工验收。
   • 每个单项工程的验收应独立进行，包括验收申请、验收准备、现场验收、验收报告编制等环节。

2. 协调行政管辖部门：

   • 在验收前，应与两个单项工程所在地的行政主管部门进行沟通，了解各自的验收要求和流程。
   • 可以邀请两个行政主管部门共同参与验收会议，或者分别向他们提交验收报告，以确保验收的合规性和有效性。

3. 确保验收标准统一：

   • 尽管两个单项工程位于不同的行政管辖地，但应确保它们遵循相同的验收标准和质量要求。
   • 这可以通过在项目批复文件中明确验收标准，或者在验收前与两个行政主管部门协商确定统一的验收标准来实现。

4. 完善验收文件与备案：

   • 每个单项工程验收完成后，应及时编制验收报告，并由相关参与方签字确认。
   • 将验收报告和其他相关文件分别提交给两个单项工程所在地的行政主管部门进行备案，以便后续管理和监督。

额外建议：

• 在项目实施过程中，应加强与两个行政主管部门的沟通与协调，确保项目顺利推进。
• 如果遇到验收标准或程序上的差异或冲突，应及时寻求法律或专业咨询，以避免潜在的法律风险。

在处理此类问题时，务必确保所有操作都符合相关法律法规和政策要求。如果您在具体操作过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。