未组织主体结构验收擅自抹灰属于违规施工行为，需根据具体情节承担行政责任、民事责任，情节严重的可能涉及刑事责任，同时应立即停止施工并补办验收手续。以下从不同法律角度详细分析：

一、行政责任层面

根据《建设工程质量管理条例》第五十八条规定，建设单位未组织竣工验收或验收不合格擅自交付使用的，责令改正，处工程合同价款2%以上4%以下罚款；造成损失的依法承担赔偿责任。
具体到本案例：

1. 若主体结构未经验收即抹灰，属于“未经验收擅自使用”的延伸行为，住建部门可责令停工整改，对建设单位处20万-50万元罚款（按工程规模浮动）；
   
2. 对施工单位可能处1万-3万元罚款（《建设工程质量管理条例》第六十四条），并限制其参与招投标资格；
   
3. 对监理单位若存在未履行验收监督职责的，可处50万-100万元罚款（《建设工程质量管理条例》第六十七条）。

二、民事责任层面

1. 质量纠纷风险：若抹灰后主体结构出现裂缝、沉降等质量问题，建设单位需承担修复费用及对业主的赔偿；
   
2. 工期索赔：其他参建方可能以“违规施工导致返工”为由主张工期延误赔偿；
   
3. 合同违约：若施工合同明确约定“验收合格后方可进行下一工序”，擅自抹灰构成违约，需支付违约金。

三、刑事责任风险（极端情况）

若因擅自施工导致重大安全事故（如坍塌造成人员伤亡），可能触犯《刑法》第一百三十七条【工程重大安全事故罪】，对直接责任人员处5年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。

四、实务处理建议

1. 立即停工：停止抹灰作业，封存现场证据（如照片、监理日志）；
   
2. 补办验收：委托第三方检测机构对主体结构进行安全性鉴定，合格后组织五方责任主体（建设、施工、监理、设计、勘察单位）验收；
   
3. 行政报备：向当地住建部门提交《整改报告》，说明违规原因及整改措施；
   
4. 协商解决：与业主、其他参建方签订《补充协议》，明确质量责任划分及后续施工方案。

提示：若涉及政府投资项目，还可能面临审计部门对“违规拨付工程款”的追责。建议携带施工合同、验收记录等材料进一步分析具体责任比例。