若犯罪嫌疑人虚开金额大且不认罪，司法机关将依据证据链进行审查，若证据确实充分仍可定罪处罚；犯罪嫌疑人可通过提出合理怀疑、申请排除非法证据、争取量刑情节等方式维护权益。具体分析如下：
司法机关的审查与定罪原则
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
- 在虚开金额大且犯罪嫌疑人不认罪的情况下，司法机关将重点审查其他证据，如书证、物证、证人证言、鉴定意见等，以形成完整的证据链。
- 如果证据确实、充分，能够证明犯罪嫌疑人有虚开发票的行为，且虚开金额达到刑事立案标准，那么即使犯罪嫌疑人不认罪，司法机关仍可依法对其定罪处罚。
犯罪嫌疑人的辩护策略
- 提出合理怀疑：犯罪嫌疑人可以针对控方提出的证据提出合理怀疑，如质疑证据的真实性、合法性或关联性，试图削弱控方证据的证明力。
- 申请排除非法证据：如果犯罪嫌疑人认为控方证据是通过非法手段获取的，如刑讯逼供、威胁、引诱、欺骗等，可以申请法院排除这些非法证据。
- 争取量刑情节：即使犯罪嫌疑人最终被认定有罪，也可以通过积极退赃、缴纳罚金、认罪认罚（尽管当前不认罪，但未来态度可能转变）、立功表现等方式争取从轻或减轻处罚的量刑情节。
法律程序与救济途径
- 一审程序：在案件进入一审程序后，犯罪嫌疑人及其辩护人有权充分行使辩护权，对控方证据进行质证和辩论。
- 二审程序：如果犯罪嫌疑人对一审判决不服，可以在法定期限内提出上诉，由上级法院进行二审审理。二审法院将全面审查一审判决的事实认定和法律适用是否正确。
- 申诉程序：在判决生效后，如果犯罪嫌疑人认为判决存在错误，还可以依法提出申诉，请求法院启动再审程序进行审查。
实务建议
- 及时委托律师：犯罪嫌疑人应尽早委托专业律师介入案件，以便律师能够及时了解案情、查阅案卷材料、与犯罪嫌疑人会见沟通，并制定有效的辩护策略。
- 积极配合律师工作：犯罪嫌疑人应如实向律师陈述案情，提供相关线索和证据材料，积极配合律师的辩护工作。
- 保持冷静与理性：面对刑事指控和可能的刑罚后果，犯罪嫌疑人应保持冷静与理性，避免情绪化行为或言论对案件产生不利影响。