收货清单盖合同专用章通常是有效的，但具体效力需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、合同专用章的法律效力

合同专用章是专门用于签订合同的印章，在合同签订过程中，它代表了公司的意志，具有法律效力。当收货清单上加盖了合同专用章时，这通常意味着公司对收货清单上的内容予以确认，并愿意承担相应的法律责任。因此，从印章的法律效力角度来看，收货清单上盖合同专用章是有效的。

二、收货清单的性质与效力

收货清单是货物买卖合同履行过程中的重要文件，它记录了货物的名称、数量、规格等关键信息，是买卖双方确认货物交付情况的重要依据。当收货清单上加盖了合同专用章时，它不仅具有证明货物交付情况的作用，还可能成为买卖双方结算货款、解决纠纷的重要证据。因此，从收货清单的性质和作用来看，加盖合同专用章也增强了其法律效力。

三、可能影响效力的因素

尽管收货清单上盖合同专用章通常是有效的，但也可能存在一些影响效力的因素，包括但不限于：

1. 印章的真实性：如果合同专用章是伪造的或者被盗用的，那么加盖在该收货清单上的印章将不具有法律效力。因此，在确认收货清单效力时，需要核实印章的真实性。
2. 盖章人的权限：如果盖章人没有得到公司的授权或者超越了其授权范围，那么其加盖的合同专用章也可能不具有法律效力。因此，在确认收货清单效力时，需要了解盖章人的权限情况。
3. 收货清单的内容：如果收货清单上的内容存在错误或者遗漏，或者与货物买卖合同的其他条款存在冲突，那么这也可能影响收货清单的效力。因此，在确认收货清单效力时，需要仔细审查其内容。

四、法律建议

1. 核实印章真实性：在收到加盖合同专用章的收货清单时，应首先核实印章的真实性，可以通过向公司查询、比对印章样本等方式进行确认。
2. 了解盖章人权限：在确认印章真实性后，应进一步了解盖章人的权限情况，确保其有权代表公司签订收货清单。
3. 仔细审查收货清单内容：在确认印章和盖章人权限无误后，应仔细审查收货清单的内容，确保其与货物买卖合同的其他条款一致，且没有错误或遗漏。
4. 保留相关证据：为了应对可能出现的纠纷，建议保留好收货清单的原件以及相关的货物买卖合同、发货单等证据材料。

如果你在货物买卖合同纠纷中遇到了相关问题，或者对收货清单的效力有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。