收货确认单上加盖合同章通常是有效的，但需注意特殊情况。以下从多个角度为您详细分析：
一、合同章的法律效力
合同章是公司用于签订合同等经济活动的专用印章，其使用旨在确认民事法律行为，证明合同的效力及双方的合意。在收货确认单上加盖合同章，通常意味着双方对确认单中的内容达成了合意，并愿意受其约束。这一行为使得收货确认单对盖章方产生了法律效力。
二、特殊情况下的效力争议
尽管加盖合同章通常具有法律效力，但在某些特殊情况下，收货确认单的效力可能会存在争议：
公司内部规定与善意第三人保护：
- 如果公司内部对印章的使用范围有明确规定，且明确禁止使用合同章于收货确认单这类文件，但相对方并不知晓该内部规定，那么从保护善意第三人的角度出发，盖章行为依然有效。
- 若相对方明知该限制仍接受盖章，则效力可能存在争议。此时，需要通过法律途径进行进一步认定，以确定收货确认单的最终法律效力。
民事行为能力与意思表示真实性：
- 若盖章主体无相应的民事行为能力，或者存在欺诈、胁迫、重大误解等影响意思表示真实性的因素，这也可能影响收货确认单的效力。
- 在这种情况下，需要通过法定程序进行认定和处理，以确定确认单的最终法律效力。例如，如果盖章方是在被欺诈或胁迫的情况下盖章的，那么该盖章行为可能被视为无效。
三、法律建议
仔细审查收货确认单内容：
- 在签订任何合同或确认书之前，都应仔细审查其内容，确保符合法律法规的规定，并充分保障自身的权益。特别是要关注收货确认单中的货物数量、质量、价格等关键条款。
了解公司内部规定：
- 如果您是公司员工，需要了解公司内部对印章使用范围的规定，确保在加盖合同章时符合公司规定，避免不必要的法律风险。
保留相关证据：
- 在加盖合同章后，应妥善保留收货确认单的原件或复印件，以及与交易相关的其他证据，如聊天记录、转账记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将起到关键作用。
及时咨询专业律师：
- 如果您对收货确认单的效力存在疑问，或者遇到相关法律纠纷，建议及时咨询专业律师。作为专注于公司事务、经济纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，收货确认单上加盖合同章通常是有效的，但需注意特殊情况下的效力争议。为了确保合同的合法性和有效性，建议您在签订任何合同或确认书之前都仔细审查其内容，并充分了解公司内部规定和相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。