结论：逾期违约金按民间借贷利率司法保护上限计算，在符合一定条件下是合法的。具体来说，只要该违约金与逾期利率等总计不超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，即被视为合法有效。
详细分析：
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷中的逾期利率、违约金或其他费用，总计不得超过合同成立时一年期LPR的四倍。这一规定旨在防止高利贷行为，保护借款人的合法权益，同时也为出借人设定了一个合理的收益上限。
违约金与逾期利率的关系：
- 在民间借贷中，违约金和逾期利率都是出借人因借款人违约而可能主张的权益。然而，这两者并非可以无限制地叠加。根据法律规定，它们的总计金额不得超过上述的司法保护上限。这意味着，如果双方约定的逾期利率已经接近或达到上限，那么违约金的数额就需要相应调整，以确保总计不超过上限。
实际损失的考量：
- 违约金的设定应与实际损失相关联。虽然法律没有明确规定违约金必须等于实际损失，但一般来说，违约金数额不应超过因违约行为给守约方造成的实际损失的30%（这一比例并非绝对，而是作为参考）。如果约定的违约金过高，远超实际损失，违约方有权请求法院或仲裁机构予以适当减少。在民间借贷中，这一原则同样适用，且需与司法保护上限相结合进行考量。
具体案例说明：
- 假设合同成立时一年期LPR为3.7%，那么司法保护上限为14.8%（3.7% * 4）。如果双方约定的逾期利率为12%，那么违约金的数额就需要控制在2.8%以内（14.8% - 12%），以确保总计不超过上限。如果双方约定的逾期利率已经达到或超过14.8%，那么就不能再约定违约金或其他费用了，否则超出部分将不受法律保护。
法律建议：
- 在签订民间借贷合同时，双方应明确约定利率、逾期利率及违约金等条款，并确保这些条款符合法律规定的司法保护上限。这有助于减少未来的法律争议和经济风险。
- 出借人在提供借款前应充分评估借款人的信用状况和还款能力，以合理确定利率和违约金水平。避免过高或过低的约定导致法律风险或经济损失。
- 在发生违约纠纷时，双方应首先尝试通过协商的方式解决争议。如果协商不成，可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以维护自身的合法权益。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分的证据来证明自己的主张，以便法院或仲裁机构能够做出公正合理的裁决。
可能法律后果：
- 如果双方约定的逾期利率和违约金等总计超过司法保护上限，超出部分将不受法律保护。这意味着出借人无法通过法律途径追讨超出部分的利息或违约金。
- 如果借款人认为约定的违约金过高或过低，可以向法院或仲裁机构请求调整。法院或仲裁机构将根据实际损失情况、双方过错程度等因素进行综合考量，并作出公正合理的裁决。