结论：在用人单位先承认有劳动关系，后又以超过时效抗辩的情况下，法院的认定会综合考虑多个因素，包括时效的起算点、中断或中止的情形，以及用人单位的承认行为是否构成对时效抗辩的放弃等。具体来说，法院可能会从以下几个方面进行认定：

1. 时效的起算点：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 如果用人单位在劳动关系存续期间或劳动关系终止后的一年内，已经承认了与劳动者的劳动关系，并且劳动者在此期间内没有怠于行使权利，那么时效的起算点可能会被认定为用人单位承认劳动关系之时或劳动者知道权利被侵害的明确时间点，而非劳动关系终止之时。

2. 时效的中断或中止：

   • 如果在时效期间内，劳动者向用人单位主张过权利，或者用人单位同意履行义务，或者劳动者向有关部门请求权利救济等，都可能导致时效的中断或中止。
   • 用人单位的承认行为，如果被视为对劳动者权利的认可或对履行义务的同意，那么也可能构成时效中断或中止的情形。

3. 用人单位承认行为的法律效果：

   • 用人单位在仲裁或诉讼过程中先承认有劳动关系，这通常被视为对劳动者主张的一种自认，具有法律上的约束力。
   • 如果用人单位后来又以超过时效进行抗辩，法院会审查其承认行为是否真诚、是否出于自愿，以及是否存在欺诈、胁迫等情形。如果用人单位的承认行为是真诚的，并且没有违反法律强制性规定或公序良俗，那么法院可能会倾向于认为用人单位放弃了时效抗辩的权利。

4. 举证责任分配：

   • 在劳动争议案件中，举证责任通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。但如果涉及时效问题，用人单位主张超过时效的，应当承担举证责任，证明劳动者知道或应当知道其权利被侵害的时间点，以及该时间点已经超过了一年的仲裁时效期间。
   • 如果用人单位无法提供充分证据证明其主张，或者其提供的证据被法院认定为不充分、不可信，那么法院可能会不支持其时效抗辩。

法律建议：

• 对于劳动者而言，在发现用人单位可能以超过时效进行抗辩时，应及时收集并保存相关证据，如与用人单位的沟通记录、工作证明、工资单等，以证明自己在时效期间内已经行使了权利或存在时效中断、中止的情形。
• 对于用人单位而言，在承认有劳动关系之前应谨慎考虑，避免因为一时的承认而放弃时效抗辩的权利。如果确实存在超过时效的情形，并且希望以此进行抗辩，那么应当提前准备好相关证据，并在仲裁或诉讼过程中积极主张。

可能法律后果：

• 如果法院认定用人单位的时效抗辩不成立，那么劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任，如支付工资、经济补偿金等。
• 如果法院认定用人单位的时效抗辩成立，那么劳动者可能会面临败诉的风险，无法获得相应的法律救济。

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