公司存在二套账，财政部门确实会进行处罚。以下是对这一问题的详细分析：

1. 二套账的定义与性质：

   • 二套账，通常指的是企业为了逃避税收、监管或其他目的，而设立的两套账目，一套用于内部管理，可能真实反映企业的财务状况；另一套则用于对外报送，如给税务、财政等部门，可能经过篡改或隐瞒，以符合某些要求或避免处罚。
   • 这种行为本质上属于财务造假，违反了会计法规、税法等相关法律法规的规定。

2. 财政部门的处罚依据：

   • 根据《中华人民共和国会计法》等相关法律法规，企业应当按照国家统一的会计制度的规定设置会计账簿，进行会计核算，并保证会计资料的真实、完整。
   • 如果企业存在二套账，即违反了会计资料的真实、完整要求，财政部门有权依据相关法律法规进行处罚。

3. 可能的处罚措施：

   • 财政部门在发现企业存在二套账后，可能会进行警告、罚款等行政处罚。罚款的金额通常根据违法行为的严重程度、涉案金额等因素来确定。
   • 在严重情况下，如果企业的二套账行为构成了犯罪，如逃税罪、隐匿、故意销毁会计凭证、会计账簿、财务会计报告罪等，还可能被追究刑事责任。

4. 实际案例与后果：

   • 在实践中，已经有多起企业因存在二套账而被财政部门处罚的案例。这些案例中，企业不仅面临了罚款等行政处罚，还可能因此声誉受损，影响企业的正常经营和发展。
   • 此外，如果企业的二套账行为被税务部门发现，还可能导致企业被税务稽查、补缴税款及滞纳金等后果。

5. 法律建议：

   • 作为企业，应当严格遵守相关法律法规，确保会计资料的真实、完整。避免设立二套账等违法行为，以免面临法律处罚和声誉损失。
   • 如果企业已经存在二套账的情况，应当尽快进行整改，确保账目的真实性和完整性。同时，可以寻求专业律师的帮助，了解具体的法律风险和应对措施。

总结来说，公司存在二套账是违法行为，财政部门有权依据相关法律法规进行处罚。企业应当严格遵守法律法规，确保会计资料的真实、完整，以避免不必要的法律风险和声誉损失。如果您或您的企业在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。