公司设置两套账在绝大多数情况下是不合法且不被允许的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规与合规性
根据《中华人民共和国会计法》和《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，企业必须按照国家统一的会计制度规定，真实、完整地记录和反映各项经济业务。伪造、变造会计凭证、会计账簿或编制虚假财务会计报告是违法的，企业可能因此面临罚款等行政处罚；情节严重的，企业负责人、会计人员等相关责任人员还可能被追究刑事责任。
二、两套账的形成原因与风险
公司设置两套账的原因复杂多样，但主要涉及非法目的，如偷逃税款、满足不同需求（如应对外部监管和债权人、内部决策和管理分析）、获取融资便利等。然而，这些做法极易导致违法后果，如偷税漏税、误导会计信息使用者等，不仅损害了国家税收利益，也扰乱了市场经济秩序。
三、两套账的常见情形与法律后果
收入方面：企业可能隐瞒收入不入外账、延迟确认收入或收入割裂，这些行为都构成偷税行为，将面临税务机关的追缴税款、滞纳金和罚款，情节严重时还可能追究刑事责任。
成本费用方面：企业可能虚增成本费用、费用分类不当或虚增成本，这些行为同样违反了会计核算的真实性原则，将面临法律制裁。
资产方面：企业可能设置账外资产或资产不实，这些行为不仅违反了会计法规，还可能影响企业的贷款能力和信用评级。
其他情形：如财务帐与集团或大股东财务未区分、无存货成本结算制度、帐务委外处理不当等，这些行为也可能导致账目不清晰，引发法律风险。
四、合法情况下的多套账设置
虽然公司设置两套账在绝大多数情况下是不合法的，但企业出于合法、合理的管理需求，在同一会计主体内编制多套辅助账套，且这些账套的核算基础真实、未违反相关法律法规，则不构成违法。然而，这种情况下的多套账设置必须严格遵守法律法规，确保账目的真实性、完整性和合法性。
五、建议与总结
加强法制观念：企业应严格遵守相关法律法规，确保会计信息的真实性和完整性。
完善财务管理制度：企业应建立健全的财务管理制度，确保账目的清晰、准确和合法。
提升财务人员专业素养：企业应加强对财务人员的培训和教育，提升其专业素养和职业道德水平，确保其能够准确、合法地进行会计核算和财务管理。
积极配合外部监管：企业应积极配合税务、审计等外部监管部门的检查和监督，及时整改存在的问题，降低法律风险。
综上所述，公司设置两套账在绝大多数情况下是不合法且不被允许的。企业应秉持合法合规的原则进行会计核算和财务管理，以确保企业的稳健发展和长远利益。如果您在公司财务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。