针对“法人通知变更保管人，不配合怎么办”这一问题，我的结论是：首先应明确变更保管人的合法程序与依据，若对方仍不配合，可通过协商、发送律师函或提起诉讼等法律手段解决。以下从不同角度详细分析：
一、明确变更保管人的合法程序与依据
公司章程与内部规定：
- 首先，需查阅公司章程或内部关于保管人变更的相关规定，确认变更程序是否合法合规。若公司章程或内部规定中有明确流程，如需召开董事会或股东会决议等，应确保这些程序已得到履行。
合同或协议：
- 如果保管人的职责是基于与法人签订的合同或协议，那么变更保管人可能需要双方协商一致并修改合同或协议。在此情况下，应确保合同或协议中有关于变更保管人的条款，并按照条款执行。
二、对方不配合时的应对措施
协商沟通：
- 在采取法律手段之前，建议首先尝试与不配合的保管人进行协商沟通。明确告知其变更的合法性和必要性，以及不配合可能带来的法律后果。通过友好协商，往往能更高效地解决问题。
发送律师函：
- 若协商无果，可以考虑委托律师发送律师函。律师函具有法律威慑力，能够正式告知对方其行为的违法性，并要求其立即配合变更。律师函中应明确变更的法律依据、事实依据以及对方不配合可能面临的法律责任。
提起诉讼：
- 如果对方仍然拒绝配合，且变更保管人对于公司运营至关重要，那么可以考虑向法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明变更的合法性和必要性，以及对方不配合的事实。法院将根据事实和法律作出判决，要求对方配合变更或承担相应的法律责任。
三、可能涉及的法律后果
违约责任：
- 如果保管人的职责是基于合同或协议，且合同或协议中有关于变更保管人的条款，那么对方不配合可能构成违约。根据合同或协议的约定，违约方可能需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
侵权责任：
- 如果对方的不配合行为给公司造成了实际损失，如因保管不善导致公司财产损失等，那么公司还可以要求对方承担侵权责任。侵权责任包括赔偿损失、恢复原状等。
四、实际操作建议
保留证据：
- 在整个过程中，务必保留好所有与变更保管人相关的证据，如公司章程、内部规定、合同或协议、协商记录、律师函等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
寻求专业法律帮助：
- 由于涉及法律程序和法律责任，建议在处理此类问题时寻求专业律师的帮助。律师能够提供专业的法律意见和指导，确保变更程序的合法性和有效性，并帮助公司维护自身权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。