研发投入分级激励奖励本身并不直接违反公平竞争审查条例，但具体是否违规需结合激励措施的具体内容、实施方式及目的等多方面因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、公平竞争审查条例的基本原则
公平竞争审查条例旨在维护市场公平竞争秩序，防止政府及其所属部门滥用行政权力排除、限制竞争。其审查对象主要是行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织制定的涉及市场主体经济活动的政策措施。研发投入分级激励奖励，若是由企业自主实施，通常不属于公平竞争审查条例的直接审查范围。然而，如果该激励奖励措施是由政府或相关部门制定并推动实施的，那么就需要接受公平竞争审查。
二、研发投入分级激励奖励可能涉及的公平竞争问题
歧视性待遇：
- 如果激励奖励措施在设定条件、标准或额度时，对不同市场主体存在不合理的差别对待，如仅针对特定企业或行业给予优惠，而排除其他符合条件的企业或行业，那么这种措施可能构成歧视性待遇，违反公平竞争审查条例。
限制竞争：
- 如果激励奖励措施的实施方式或目的在于限制或排除其他市场主体的竞争，如通过设定不合理的门槛或条件，阻碍其他企业进入市场或参与竞争，那么这种措施也可能违反公平竞争审查条例。
滥用行政权力：
- 如果政府或相关部门在制定或实施激励奖励措施时，滥用行政权力，如强制企业接受不合理的条件或要求，或者将激励奖励与特定的行政审批、许可等挂钩，那么这种行为同样可能违反公平竞争审查条例。
三、合规建议
明确激励目的和条件：
- 企业在实施研发投入分级激励奖励时，应明确激励的目的和条件，确保激励措施与企业的研发战略和市场需求相匹配，避免设置不合理的门槛或条件。
公平对待所有市场主体：
- 激励措施应公平对待所有符合条件的市场主体，避免对特定企业或行业给予不合理的优惠或排斥其他企业或行业。
遵守相关法律法规：
- 企业在制定和实施激励奖励措施时，应遵守相关法律法规的规定，如反垄断法、反不正当竞争法等，确保激励措施不违反法律法规的禁止性规定。
接受监督和审查：
- 如果激励奖励措施是由政府或相关部门制定并推动实施的，那么企业应积极配合相关部门的监督和审查工作，确保激励措施符合公平竞争审查条例的要求。
最后需要强调的是，研发投入分级激励奖励本身是一种鼓励企业加大研发投入、提高创新能力的有效手段。只要企业在制定和实施激励措施时遵守相关法律法规的规定，确保激励措施的公平性和合理性，那么这种措施就不会违反公平竞争审查条例。如果你在实施过程中遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。