违反上市公司章程指引的处理方式需根据具体情形和后果严重程度来判定，通常包括内部纠正、监管处罚、民事赔偿及刑事责任四个层面。以下展开说明：

1. 内部纠正与责任追究
   上市公司章程是公司治理的“根本大法”，违反章程指引（如未履行股东大会/董事会决议程序、超越职权范围决策等）首先触发内部治理机制。根据《公司法》及章程规定，公司可要求责任人（如董事、高管）立即停止违规行为、恢复原状（如撤销违规决议），并通过内部追责程序（如董事会决议、监事会调查）要求责任人赔偿公司损失。例如，若违规决策导致公司签订不利合同，公司可主张合同无效或要求责任人承担差额损失。

2. 监管处罚与合规整改
   若违反行为涉及信息披露、关联交易、股东权益保护等监管红线（如未及时披露重大事项、违规关联交易），证监会或交易所将依据《证券法》《上市公司治理准则》等法规介入。处罚措施包括：

   • 行政处罚：警告、罚款（对个人最高可处500万元，对公司最高可处1000万元）、市场禁入等；
     
   • 监管措施：责令改正、公开谴责、出具警示函、限制业务活动等；
     
   • 合规整改：要求公司修订章程、完善内控制度、加强合规培训，甚至强制更换违规董事/高管。
     例如，某上市公司未按规定披露关联交易，被证监会责令改正并罚款200万元，同时对相关责任人处以50万元罚款。

3. 民事赔偿与股东诉讼
   股东可依据《公司法》第151条（股东代表诉讼）或第152条（股东直接诉讼）维权：

   • 股东代表诉讼：若公司利益受损（如违规担保导致公司承担债务），股东可书面请求监事会/董事会起诉责任人，若其拒绝，股东可自行以公司名义起诉；
     
   • 股东直接诉讼：若股东自身权益受损（如违规分红、剥夺表决权），股东可直接起诉公司或责任人要求赔偿。
     例如，某公司大股东通过违规决议稀释小股东股权，小股东可起诉要求确认决议无效并恢复股权比例。

4. 刑事责任风险
   若违反行为涉及犯罪（如背信损害上市公司利益罪、违规披露/不披露重要信息罪），责任人可能面临刑事追责。根据《刑法》第169条之一，违规披露重要信息且情节严重的，对直接责任人处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；第169条规定的背信损害上市公司利益罪，最高可处7年有期徒刑。例如，某上市公司财务总监伪造财务报表，被以违规披露重要信息罪判处有期徒刑3年。

行动建议：

• 若您是公司内部人员，发现违规行为应立即向监事会/董事会报告，推动内部纠正；
  
• 若您是股东，可先通过书面质询、临时股东大会提案等方式要求公司整改，若无效则考虑诉讼；
  
• 若涉及监管处罚或刑事风险，建议尽快委托律师评估法律后果，制定应对方案（如主动配合调查、争取从轻处理）。
  

如有具体案例或细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合章程条款、监管规则及司法实践为您详细解答。