公司章子和所有证件由他人持有是不合法且存在重大风险的，公司不应将此类重要物品交由非授权人员保管。以下从不同角度详细分析：

一、法律责任与风险

1. 公司印章与证件的法律意义

   • 公司印章（包括公章、财务章、合同章等）是公司身份和权力的象征，具有法律效力。公司证件（如营业执照、税务登记证等）是公司合法经营的凭证。
   • 这些印章和证件的保管与使用直接关系到公司的权益和安全，必须由公司授权的人员妥善保管。

2. 他人持有的法律风险

   • 如果公司章子和所有证件被他人持有，尤其是非公司授权人员，这可能导致公司面临法律风险。例如，他人可能利用这些印章和证件进行违法活动，如签订虚假合同、开具虚假发票等，从而给公司带来经济损失和法律责任。
   • 根据相关法律法规，公司对其印章和证件的使用负有管理责任。如果因管理不善导致印章和证件被他人滥用，公司可能需要承担相应的法律责任。

二、公司治理与内部控制

1. 公司治理原则

   • 公司治理要求公司建立完善的内部控制制度，确保公司资产的安全和完整。将公司章子和所有证件交由他人持有，违反了公司治理的基本原则。

2. 内部控制措施

   • 公司应制定严格的印章和证件管理制度，明确保管责任和使用流程。例如，可以设立专门的印章和证件保管柜，由专人负责保管，并建立使用登记制度，确保每次使用都有记录可查。
   • 公司还应定期对印章和证件进行盘点和检查，确保数量相符、状态良好。

三、实际操作建议

1. 立即收回印章和证件

   • 如果公司发现章子和所有证件被他人持有，应立即采取措施收回，并查明原因和责任人。

2. 加强管理和监督

   • 公司应加强对印章和证件的管理和监督，确保它们始终处于公司的控制之下。可以定期对员工进行培训，提高他们对印章和证件重要性的认识。

3. 完善制度建设

   • 公司应完善相关制度建设，如制定印章和证件使用管理办法、建立内部控制制度等，从制度上保障公司资产的安全和完整。

四、法律后果与应对

1. 法律后果

   • 如果因他人持有公司章子和证件而导致公司遭受损失或面临法律责任，公司有权向责任人追偿，并可能要求其承担刑事责任（如构成犯罪的话）。

2. 应对措施

   • 公司应保留好相关证据，如印章和证件的使用记录、盘点报告等，以便在需要时证明自己的清白和追究责任人的责任。
   • 如果发现他人滥用公司印章和证件进行违法活动，公司应立即向公安机关报案，并配合调查工作。

综上所述，公司章子和所有证件由他人持有是不合法且存在重大风险的。公司应加强对这些重要物品的管理和监督，确保它们始终处于公司的控制之下。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。