店铺因违法行为被查封，责任归属需根据具体情况判断，通常涉及直接责任人、实际经营者或法定代表人等多方主体。以下从不同角度为您详细分析：
1. 直接责任人
若店铺的违法行为由特定个人直接实施（如销售假冒伪劣商品、非法经营等），该个人通常需承担主要责任。例如：
- 员工个人行为：若员工在未经授权的情况下实施违法行为（如私自销售违禁品），且雇主能证明已尽到管理义务（如明确禁止、定期检查等），则责任可能由员工个人承担。
- 负责人直接参与：若法定代表人或实际控制人直接参与违法行为（如组织传销、偷税漏税），则其需承担刑事或行政责任，店铺查封后果也由其承担。
2. 实际经营者
若店铺的实际经营主体与登记主体不一致（如“挂名”法定代表人），实际经营者需承担主要责任。例如：
- 隐名股东或实际控制人：若店铺由隐名股东实际控制，但登记在他人名下，一旦因违法行为被查封，实际控制人需承担法律责任，登记的法定代表人可能承担连带责任（如未履行监督义务）。
- 承包或租赁经营：若店铺由他人承包或租赁经营，且承包人/承租人以店铺名义从事违法行为，则承包人/承租人需承担责任，但出借方（如房东）若明知或应知违法行为仍提供场所，可能承担连带责任。
3. 法定代表人或登记主体
在多数情况下，店铺的法定代表人或登记主体需承担形式上的责任。例如：
- 行政责任：市场监管部门查封店铺时，通常以登记主体为处罚对象，要求其配合调查并承担罚款、停业整顿等后果。
- 刑事责任：若违法行为构成犯罪（如生产销售伪劣产品罪），法定代表人或直接负责的主管人员可能被追究刑事责任，即使其未直接参与违法行为。
4. 特殊情形：公司人格否认
若店铺为公司制企业，且股东滥用公司法人独立地位（如财产混同、过度支配），债权人可请求“刺破公司面纱”，要求股东对公司债务承担连带责任。此时，股东可能因店铺违法行为被追责。
法律建议
- 立即停止违法行为：若店铺已被查封，应第一时间停止所有可能涉及违法的经营活动，避免责任扩大。
- 配合调查：主动向执法部门说明情况，提供相关证据（如进货凭证、合同等），以证明自身无过错或减轻责任。
- 区分责任主体：若违法行为由他人实施，需收集证据证明自身未参与或不知情（如员工个人行为、承包人独立经营等）。
- 咨询专业律师：根据具体案情，律师可协助分析责任归属、制定应对策略，并在行政复议或诉讼中维护权益。
店铺被查封的责任归属需结合违法行为性质、责任主体身份及过错程度综合判断。若您面临此类问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业法律意见。