结论：供应商不开发票而同意用货款抵甲方的损失，这一行为在法律上存在合规风险，并不完全合法。
分析如下：
发票的开具义务：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条：“销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。” 这表明，供应商在收取货款后，有义务向甲方开具相应的发票。
货款抵损失的法律性质：
- 货款是甲方支付给供应商的购买货物的对价，而损失是甲方因供应商的某种行为（如违约、侵权等）所遭受的损害。这两者在法律上是两个独立的法律关系。
- 供应商同意用货款抵甲方的损失，实际上是在尝试通过一种非法律规定的途径来解决双方之间的纠纷。这种做法可能掩盖了供应商的真实责任，也可能导致甲方在税务、财务等方面面临风险。
税务风险：
- 如果供应商不开发票，甲方在税务上可能无法将这笔支出作为合法的成本进行抵扣，从而增加甲方的税务负担。
- 同时，供应商也可能因未开具发票而面临税务机关的处罚，如罚款、滞纳金等。
合同合规性：
- 如果双方之间的货物买卖合同中明确规定了发票的开具义务和货款支付方式，那么供应商不开发票而用货款抵损失的行为就违反了合同约定，构成违约。
- 甲方有权根据合同约定要求供应商开具发票，并可能因此要求供应商承担违约责任。
建议：
- 要求供应商开具发票：甲方应坚持要求供应商按照法律规定和合同约定开具发票，以确保自身的合法权益和税务合规。
- 协商解决纠纷：如果双方之间存在纠纷，应通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径解决，而不是通过货款抵损失这种非法律规定的途径。
- 咨询专业律师：如果甲方对供应商的行为存在疑虑或担忧，可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
后续行动：
- 甲方可以与供应商进行沟通，明确要求其开具发票，并解释不开发票可能带来的法律后果和税务风险。
- 如果供应商拒绝开具发票或无法达成一致意见，甲方可以考虑采取法律手段维护自身权益，如向税务机关举报、提起民事诉讼等。
总之，供应商不开发票而同意用货款抵甲方的损失并不合法，甲方应坚持要求供应商开具发票，并通过合法途径解决双方之间的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。