当公司面临在职员工提起劳动仲裁时，这是一个需要谨慎且积极应对的情况。以下是一套详细、有条理的处理步骤和建议，旨在帮助公司妥善处理此类纠纷，维护合法权益：
一、初步响应与签收文书
及时签收：公司在收到劳动仲裁委员会送达的仲裁申请书副本、应诉通知书等法律文书后，应立即签收，并仔细查看内容，明确员工的仲裁请求、所依据的事实和理由，以及开庭的时间、地点等关键信息。
初步沟通：在签收文书后，公司可以主动与提出仲裁的员工进行初步沟通，了解其具体诉求和原因，这有助于为后续的协商或抗辩打下基础，也可能为双方和解创造机会。
二、组建专业应对团队
法务支持：公司应依托内部法务部门或聘请专业劳动法律师，为公司提供全面的法律支持和应对策略。法务人员或律师将负责分析仲裁请求的合法性、合理性，并指导公司如何收集证据、撰写答辩状等。
部门协作：人力资源部门、业务部门等相关部门应共同参与应对工作，提供员工的人事档案、考勤记录、工资发放记录、工作表现评估等必要资料。这些资料将作为公司应对仲裁的重要证据。
三、全面收集证据材料
劳动合同审查：核对与员工签订的劳动合同，确认合同条款是否明确、合法，以及是否与员工的仲裁请求相符。
规章制度依据：整理公司的各项规章制度，特别是经过合法程序制定并向员工公示的制度。这些制度将作为公司处理争议的依据，证明公司的行为是合法、合规的。
考勤与工资记录：提供员工的考勤记录、工资条、银行转账记录等，证明公司已按照合同约定和法律规定履行了相应义务，如支付工资、加班费等。
工作表现评估：收集员工的工作任务分配、业绩考核结果、奖惩通知等，以证明员工的工作表现和公司的管理行为是合理、公正的。
四、沟通与协商
协商和解：在明确员工诉求的基础上，公司可以尝试通过协商达成一致意见，避免进一步的法律纠纷。如双方有和解意愿，可以制定合理的和解方案，如调整工资、提供补偿等。
第三方调解：若协商无果，公司可以寻求第三方调解组织的帮助，如企业劳动争议调解委员会或基层人民调解组织。这些组织将协助双方进行调解，寻求双方都能接受的解决方案。
五、分析仲裁请求与制定应对策略
分析请求：应对团队需共同研究员工的仲裁请求，结合收集到的证据进行深入分析，判断其合理性及法律依据。这有助于公司确定抗辩的要点和策略。
制定策略：根据分析结果，公司应制定相应的应对策略。如公司确实存在过错，可以考虑和解或提供补偿；如公司无过错，则应积极准备抗辩，确定答辩要点和证据清单。
六、撰写答辩书与参加仲裁庭审
撰写答辩书：在规定时间内，公司应提交答辩书，清晰、有条理地阐述公司的观点和理由，附上相关证据清单及说明。答辩书应针对员工的仲裁请求和理由进行逐一回应，展示公司的证据和立场。
参加庭审：公司应提前安排好出庭人员，确保其熟悉案件情况、证据和答辩思路。在庭审中，出庭人员应遵守纪律，按照仲裁员的指引进行陈述、答辩、举证、质证等环节，有效维护公司的合法权益。
七、执行仲裁裁决或进行后续法律程序
尊重并执行裁决：如果仲裁裁决支持员工的部分或全部请求，且公司未在规定时间内提起诉讼，则应按照裁决书的要求履行义务。这有助于维护公司的信誉和形象，避免进一步的法律纠纷。
依法提起诉讼：如果对仲裁裁决不服，公司可以在规定时间内向有管辖权的人民法院提起诉讼，并按照诉讼程序进行后续处理。在诉讼过程中，公司应继续提供证据支持自己的立场，并尊重法院的判决结果。
八、加强人事管理与防范法律风险
完善管理：公司应加强对员工的人事管理，确保签订书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。同时，公司应定期对员工进行培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。
规范行为：公司应严格执行劳动相关法律法规，规范用工行为，降低劳动争议和法律风险的发生概率。例如，公司应按时支付工资、提供加班费、保障员工的休息休假权利等。
综上所述，公司在面对在职员工提起劳动仲裁时，应秉持积极、主动的态度，通过沟通、协商、调解、抗辩等多种方式妥善处理纠纷。同时，公司应加强人事管理和法律风险防范工作，确保公司的稳定和持续发展。