结论：绿灯进入直行待行区，走一半变红灯后停车等待，一般情况下不会被扣分，但具体还需结合当地交通法规和实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
法律原则与规定
直行待行区是为了提高路口通行效率而设置的，允许左转车辆放行时，直行车辆提前进入。根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规，车辆必须严格按照交通信号灯的指示行驶。红灯亮起时，车辆应当在停止线外停车等候，禁止通行。然而，这一规定主要针对的是红灯亮起时车辆是否应当进入路口或待行区，而对于已经部分进入待行区后红灯亮起的情况，法律并未明确规定必须扣分。
实际驾驶情况分析
正常行驶情况下：
- 如果你在绿灯时已经合法进入直行待行区，并且在红灯亮起前已经接近或到达停止线，此时选择停车等待是符合交通法规的。因为你的进入行为是在绿灯时完成的，红灯亮起后你并未继续前行进入路口，所以通常不会被视为违反交通信号灯规定。
特殊情况处理：
- 前方交通拥堵：如果因前方交通拥堵导致你无法及时停车，而被迫在红灯亮起后继续停留在待行区内，这种情况通常不会被认定为违法行为并予以处罚。但你需要确保安全，并尽快在交通状况允许的情况下通过路口或驶出待行区。
- 听从交警现场指挥：在有交通警察指挥交通的情况下，如果交警指挥你继续在待行区内等待或通行，即使此时红灯亮起，也不会被视为违法行为。因为交警的指挥具有最高优先级，你必须服从。
处罚标准与例外
- 一般处罚标准：根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分，并可能处以20元以上200元以下的罚款。但这一标准主要针对的是红灯亮起时车辆擅自进入路口或待行区的行为。
- 例外情况：如前所述，如果因前方交通拥堵或听从交警现场指挥等原因导致你在红灯亮起后继续停留在待行区内，通常不会被处罚。此外，如果路口设置了特定的交通标志或信号，明确允许车辆在红灯时进入直行待行区等待，那么你也可以遵循这些指示合法进入待行区。
驾驶建议
- 密切关注交通信号灯：在行驶过程中，务必密切关注交通信号灯的变化，确保自己的行驶行为符合相关规定。
- 保持安全车距：在进入直行待行区前，保持与前车的安全车距，以便在红灯亮起时能够及时停车。
- 提高交通安全意识：遵守交通规则，共同维护道路交通的安全和秩序。如有任何疑问或不确定的情况，可以直接向我咨询以获取准确的法律意见和指导。
总结：绿灯进入直行待行区后红灯亮起并停车等待，一般情况下不会被扣分。但具体还需结合当地交通法规和实际情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。