工程变更后合同价款的确定是一个涉及多方面因素且需要细致处理的过程。以下是一个清晰、详细且有深度的解答，旨在帮助您全面理解这一过程：
一、确定原则
工程变更后合同价款的确定，应遵循公平、公正、合理的原则，同时确保程序的合法性和合规性。这要求我们在处理变更价款时，既要考虑合同双方的利益，也要符合相关法律法规和合同约定的要求。
二、确定方法
合同有明确约定的情况：
- 具体调整方法：如果合同中明确约定了变更价款的具体调整方法，如因原材料价格上涨按物价指数调整，或因设计变更导致工程量增加按固定单价计算新增部分，那么应严格按照合同约定的方法来确定变更后的合同价款。
- 参照标准：当合同约定参照特定标准（如市场价格、行业平均价格）来确定变更价款时，需收集相关价格信息，并按约定标准进行价款调整。
- 已有或类似单价：若合同中已有直接适用于变更工程的单价，或存在类似工程的单价，应直接或参照该单价计算变更合同价款。
合同没有约定或约定不明确的情况：
- 协商确定：双方应遵循公平、合理的原则进行协商，考虑变更内容、影响程度、市场价格等因素，达成一致的变更价款。协商过程中，双方应诚实信用，充分沟通，以确定双方都能接受的价格。若协商不成，可邀请第三方中介机构进行评估，或按照相关法律法规处理。
- 法定规则确定：根据《建设工程工程量清单计价规范》等相关规定，若合同中对工程变更价款没有约定或约定不明确，应按照以下规定调整：已标价工程量清单中有适用项目的，采用该项目单价；工程量偏差超过一定比例（如15%）时，可对综合单价进行调整；没有适用但有类似项目的，参照类似项目单价；既没有适用也没有类似项目的，由承包人提出变更工程项目的单价，并报发包人确认后调整。
三、确定程序
- 变更的提出与审批：变更可由发包人、承包人、监理人或设计单位等任何一方提出，并明确变更的内容、理由及对合同价格和工期的影响。变更需经过严格的审批流程，包括技术评审和经济评审，并形成正式的变更指示或变更通知单。
- 变更工程量的确认：承包人需对变更后的工程量进行重新计量，并提交给监理人或造价咨询机构进行复核和确认。
- 变更估价申请与审核：承包人依据合同约定的计价方式，结合变更后的工程量和相关价格信息，编制变更估价申请，并详细说明变更工作的内容、范围、实施计划及价格组成。监理人应及时审查并报送发包人，如有异议应通知承包人修改后重新提交。
- 变更价款的协商与确定：发包人应在规定时间内对承包人的变更估价申请进行审批。逾期未完成审批或未提出异议的，视为认可承包人的申请。双方就变更价款进行协商，如有争议可寻求第三方机构调解或仲裁，最终达成一致的变更价款应形成书面协议。
- 变更价款的支付：经批准的变更价款应与工程进度款同期支付，支付时需确保资金的安全性和合规性。
四、特殊情况处理
- 删减工程或工作的变更价款确定：如果因非承包人原因删减了合同中的某项原定工作或工程，且该费用或收益未被包含在其他已支付或应支付的项目中，承包人有权提出并得到合理的费用及利润补偿。
- 措施项目费的调整：变更导致的措施项目费调整应按照实际发生变化的措施项目进行调整。对于安全文明施工费等不得浮动的费用，按实际发生额调整；对于其他可采用单价或总价计算的措施项目费，根据合同约定和实际情况进行合理调整。
五、法律依据
在处理工程变更后合同价款的过程中，应严格遵守《民法典》等相关法律法规的规定。当事人协商一致可以变更合同，且若合同基础条件发生无法预见的重大变化，受不利影响的当事人可与对方重新协商变更合同。
综上所述，工程变更后合同价款的确定是一个综合性的过程，需要综合考虑技术、经济、法律等多个方面的因素。在实际操作中，应严格按照相关法律法规和合同约定的程序与方法进行操作，以确保双方的合法权益得到保障。