付款申请单是否算附件，需结合具体使用场景和文件性质来判断，常见情况如下：

1. 作为合同履行过程中的支持性文件时，属于附件
   若付款申请单用于证明合同履行情况（如工程进度款、采购货款支付），需附在主合同或付款协议后作为补充材料，此时其法律性质为附件。例如：

   • 施工合同中约定”按工程进度支付款项，需提交经监理签字的付款申请单”，此时申请单是合同付款条款的履行凭证；
     
   • 买卖合同中约定”买方收到合格货物后凭付款申请单支付尾款”，此时申请单构成合同结算的组成部分。
     法律依据：根据《民法典》第510条，合同生效后未约定或约定不明的事项，可按交易习惯确定。若行业惯例中将付款申请单视为付款必要文件，其附件属性更明确。

2. 作为独立财务审批流程文件时，不属于附件
   若付款申请单仅用于企业内部财务审批（如员工报销、备用金申请），其功能是启动付款流程的内部单据，不依附于任何外部合同或协议，则不属于法律意义上的附件。例如：

   • 公司《财务制度》规定”所有付款需填写统一格式的申请单”，此时申请单是内部管理工具；
     
   • 员工出差后提交差旅费申请单，该单据独立于差旅服务合同，仅用于核算报销金额。
     关键区分：判断文件是否对外产生法律效力——若仅影响企业内部审批，则非附件；若需向合同相对方提交以证明付款条件成就，则属于附件。

3. 特殊场景下的混合属性
   在政府采购、建设工程等受严格监管的领域，付款申请单可能同时具备内部审批和外部证明双重功能：

   • 需先经企业内部审批（此时为内部文件）；
     
   • 审批通过后作为向业主/财政部门申请付款的正式材料（此时转化为合同附件）。
     实务建议：此类场景下建议在申请单上明确标注”内部审批联”和”对外提交联”，避免法律性质混淆。

总结建议：

• 若您需要确定付款申请单在具体交易中的性质，建议结合合同条款、行业惯例及文件使用目的综合判断；
  
• 在起草或审查合同时，可明确约定”付款需提交的材料清单”，避免争议；
  
• 如涉及重大交易，可进一步向我提供合同类型、付款条款等细节，我将为您具体分析。