在员工因安全事故住院期间，工资发放问题主要依据《工伤保险条例》及地方性规定来处理，核心结论是：员工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。以下分情况详细说明：

1. 认定为工伤的情况
   若事故被认定为工伤，根据《工伤保险条例》第三十三条，员工在停工留薪期内（一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊可延长）享受原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。停工留薪期需由医疗机构出具证明，并经劳动能力鉴定委员会确认。若员工生活不能自理，用人单位还需支付护理费。

2. 未认定为工伤的情况
   若事故未被认定为工伤（如因员工故意违章操作导致），则工资发放需依据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》。医疗期内，用人单位需支付病假工资，标准不得低于当地最低工资标准的80%。医疗期长度根据员工工龄和在本单位工作年限确定，一般为3-24个月。

3. 特殊情形处理

   • 争议解决：若对工伤认定或工资发放有争议，可申请劳动仲裁或提起诉讼。
     
   • 地方性规定：部分地区（如广东、江苏）对停工留薪期工资有更详细规定，如按工伤前12个月平均工资计算，需结合当地政策执行。
     
   • 用人单位违规：若用人单位未依法支付工资，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求补发工资并可能获得赔偿。

建议：员工应保留医疗证明、工资记录等证据，及时与用人单位沟通；用人单位应依法支付工资，避免法律风险。如有具体问题，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解答。