在处理网络借贷纠纷时，若涉及超过三年诉讼时效的情况，法院的判决将主要依据被告是否提出诉讼时效抗辩，以及是否存在诉讼时效中断、中止等法定事由来综合判定。以下是对这一问题的详细解答：
一、诉讼时效的基本概念
诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即可能在某种程度上丧失请求利益的时效制度。根据《民法典》的规定，一般的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道自己的权利受到损害以及义务人之日起计算。在网络借贷中，这通常指的是从借款到期日或借款人违约之日起算的三年时间。
二、超过诉讼时效后的法院处理原则
被告提出诉讼时效抗辩：
- 如果被告在诉讼中提出诉讼时效抗辩，并且法院审查后确认该抗辩成立，那么法院将判决驳回原告的诉讼请求。这意味着，尽管原告可能确实有权要求还款，但由于超过了诉讼时效，原告将丧失通过法律途径追讨借款的权利（但不影响其起诉权）。
被告未提出诉讼时效抗辩：
- 如果被告在诉讼中没有提出诉讼时效抗辩，法院通常不会主动审查和适用诉讼时效。此时，法院会根据双方提供的证据，审查借贷关系及还款情况，并依法作出判决。如果原告能提供充分证据证明借贷事实，法院将判决被告承担还款责任。
三、诉讼时效中断、中止与重新计算的情形
诉讼时效中断：
- 根据《民法典》的规定，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：
- 权利人向义务人提出履行请求；
- 义务人同意履行义务；
- 权利人提起诉讼或申请仲裁；
- 与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。
- 在网络借贷中，如果借款人在诉讼时效期间内向出借人表示愿意还款，或者出借人向借款人提出了还款请求，都可能构成诉讼时效的中断。
诉讼时效中止：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止：
- 不可抗力；
- 无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；
- 继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；
- 权利人被义务人或者其他人控制；
- 其他导致权利人不能行使请求权的障碍。
- 自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。在网络借贷中，这种情况相对较少见，但并非不可能发生。
四、特殊情况下的诉讼时效适用
- 明确约定还款期限：如果网络借贷合同中明确约定了还款期限，债权人应在期限届满后三年内主张权利，否则将适用三年诉讼时效的规定。
- 未约定或约定不明确：如果借款双方未约定还款期限或约定不明确，债权人可以随时要求债务人履行债务。此时，适用二十年的最长诉讼时效期间。但需要注意的是，即使在这种情况下，债权人也应尽早主张权利，以避免不必要的法律纠纷。
五、总结与建议
在处理网络借贷纠纷时，诉讼时效是一个关键问题。为了避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权的风险，建议债权人在借款发生后及时主张权利，并保留好相关证据。同时，债务人也应积极履行还款义务，以减少不必要的法律纠纷。如果涉及诉讼时效问题，咨询专业律师以获取准确法律意见尤为重要。