针对您描述的情况，领导在下属企业挂靠领工资3年共计21万元且钱已全部退回，这事的处理需从多个法律角度进行分析，具体如下：
法律定性角度：
- 挂靠领工资行为性质：领导在下属企业挂靠并领取工资，若该领导并非下属企业的实际员工，或未提供与工资相对应的劳动服务，则此行为可能构成虚假劳动关系的建立，涉嫌违反《中华人民共和国劳动合同法》中关于劳动合同订立和履行的相关规定。此外，若该行为涉及利用职务之便获取不正当利益，还可能触犯《中华人民共和国刑法》中的贪污罪或职务侵占罪（具体取决于领导身份及企业性质，如是否为国有企事业单位等）。但鉴于钱款已全部退回，这在一定程度上减轻了行为的违法性后果，但仍需根据具体情节判断是否构成犯罪及犯罪的轻重。
- 钱款退回的影响：钱款的退回表明领导已认识到行为的错误性，并采取了补救措施。然而，这并不意味着行为本身不违法或不需要承担法律责任。退回钱款可能作为量刑时的考虑因素，减轻处罚，但并非免责理由。
处理建议角度：
- 内部处理：下属企业应首先进行内部调查，核实挂靠领工资的具体情况，包括挂靠时间、工资数额、领导是否实际提供劳动等。根据调查结果，企业可以依据内部规章制度对领导进行相应的纪律处分，如警告、记过、降职、解聘等。
- 法律追责：若行为涉嫌违法或犯罪，企业应向相关部门（如劳动监察部门、公安机关）报案，由相关部门依法进行调查处理。在报案时，企业应提供详细的证据材料，包括工资发放记录、挂靠协议（如有）、领导的工作职责及实际工作情况等。
- 完善制度：为防止类似事件再次发生，企业应完善内部管理制度，加强对员工身份及工资发放的审核和监督，确保劳动合同的合法性和真实性。
可能后果角度：
- 行政处罚：若行为被认定为违反劳动法律法规，领导可能面临劳动监察部门的行政处罚，如罚款、责令改正等。
- 刑事责任：若行为构成犯罪，领导将面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、罚金等。但鉴于钱款已退回，且可能存在自首、立功等情节，量刑时可能会予以考虑减轻处罚。
- 民事赔偿：若行为给下属企业或其他员工造成损失，领导还可能面临民事赔偿的责任。
总结与建议：针对此情况，建议下属企业首先进行内部调查，核实情况后依据内部规章制度进行处理；同时，若行为涉嫌违法或犯罪，应及时向相关部门报案并配合调查。此外，企业应加强内部管理，完善相关制度，防止类似事件再次发生。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。