是的，员工私自收款后返还公司，建议双方签署一份书面证明文件，以明确款项性质、返还事实及双方权利义务，避免后续纠纷。具体分析如下：

1. 书面证明的必要性
   根据《民法典》第469条，书面形式是合同成立的有效方式之一。员工私自收款可能涉及职务侵占、不当得利或违反公司财务制度等问题，即使款项已返还，公司仍需通过书面文件固定以下事实：

   • 员工承认私自收款的行为；
     
   • 明确返还金额、时间及方式；
     
   • 双方对款项性质（如是否涉及利息、赔偿等）无异议；
     
   • 员工承诺未来遵守公司财务规定。
     若无书面证明，若员工事后否认返还事实或主张款项性质争议（如主张是借款而非返还），公司可能面临举证困难。

2. 书面证明的内容建议
   文件可命名为《款项返还确认书》，核心条款应包括：

   • 双方信息：员工姓名、身份证号、公司名称及统一社会信用代码；
     
   • 事实陈述：员工承认于XX时间私自收取客户/第三方款项XX元，并于XX时间全额返还至公司指定账户；
     
   • 权利义务：员工承诺未截留、挪用款项，公司确认收到返还且无其他追偿权利；
     
   • 违约责任：若员工隐瞒事实或再次发生类似行为，需承担赔偿、解雇等责任；
     
   • 生效条款：双方签字盖章后生效，一式两份，各执一份。
     示例模板可参考：
     > “本人XX（身份证号：XX）确认，于2023年X月X日私自收取客户XX款项人民币XX元，已于2023年X月X日全额返还至公司账户（账号：XX）。本人承诺未截留任何款项，且未来严格遵守公司财务制度。若违反，愿承担一切法律责任。”
     > 员工签字：_________ 公司盖章：_________ 日期：_________

3. 其他注意事项

   • 公司内部流程：除书面证明外，公司应同步完善内部审批流程，如要求员工提交书面检讨、财务部门出具收款凭证等，形成证据链；
     
   • 劳动法合规：若公司拟依据此事解除劳动合同，需符合《劳动合同法》第39条“严重违反规章制度”的情形，书面证明可作为关键证据；
     
   • 税务处理：若私自收款涉及发票问题，需同步向税务机关说明情况，避免税务风险。

建议：公司可委托律师起草《款项返还确认书》，确保条款合法有效；若涉及金额较大或情节严重，可同步向公安机关报案，追究员工法律责任。如有进一步疑问，可直接向我咨询。