建设单位使用自有员工进行审计，在一般情况下是合法的，但需满足一定条件并受到相关法律法规的约束。以下从多个角度进行详细分析：
一、合法性基础
企业自主管理权：建设单位作为独立的市场主体，享有自主管理权，包括选择内部审计人员的权利。只要这种选择不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。
内部审计的灵活性：内部审计是建设单位内部管理的一部分，其目的在于提高管理效率、防范风险。使用自有员工进行审计，可以更加灵活地安排审计工作，及时发现问题并采取措施。
二、需满足的条件
审计人员的独立性：虽然使用自有员工进行审计，但审计人员必须保持独立性，避免与被审计部门或人员存在利益关系，以确保审计结果的客观性和公正性。如果审计人员与被审计对象存在直接或间接的利益关系，可能会影响审计结果的公正性，从而违反审计的独立性原则。
审计人员的专业能力：审计工作需要具备一定的专业知识和技能，包括财务、会计、审计等方面的知识。建设单位应确保自有员工具备相应的专业能力，或者通过培训等方式提升其专业能力，以确保审计工作的质量。
遵守相关法律法规：建设单位在进行内部审计时，必须遵守国家相关的法律法规，如《审计法》、《公司法》等。这些法律法规对内部审计的程序、方法、报告等方面都有明确的规定，建设单位应严格遵守。
三、可能存在的风险及防范措施
利益冲突风险：如前所述，如果审计人员与被审计对象存在利益关系，可能会影响审计结果的公正性。为防范这种风险，建设单位应建立严格的审计人员回避制度，确保审计人员与被审计对象之间不存在利益关系。
专业能力不足风险：如果审计人员缺乏必要的专业能力，可能会导致审计工作质量不高，无法发现潜在的问题。为防范这种风险，建设单位应加强对审计人员的培训和教育，提升其专业能力；同时，也可以考虑聘请外部专业机构进行审计，以补充内部审计的不足。
法律合规风险：如果建设单位在进行内部审计时违反相关法律法规，可能会面临法律制裁和声誉损失。为防范这种风险，建设单位应加强对内部审计工作的法律合规性审查，确保审计工作符合法律法规的要求。
四、实际操作建议
制定内部审计制度：建设单位应制定完善的内部审计制度，明确审计的目标、范围、程序、方法等，为内部审计工作提供明确的指导。
加强审计人员培训：定期对审计人员进行培训和教育，提升其专业能力和法律意识，确保审计工作的质量和合规性。
建立审计监督机制：建立对内部审计工作的监督机制，如设立审计委员会或指定专人负责监督审计工作，确保审计工作的独立性和公正性。
考虑外部审计补充：在必要时，可以考虑聘请外部专业机构进行审计，以补充内部审计的不足，提高审计工作的全面性和准确性。
总结来说，建设单位使用自有员工进行审计在一般情况下是合法的，但需满足审计人员独立性、专业能力以及遵守相关法律法规等条件。在实际操作中，建设单位应制定完善的内部审计制度、加强审计人员培训、建立审计监督机制，并在必要时考虑外部审计的补充。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。