针对您提出的“入职合同丢了，能否办理退休以及是否合法”的问题，我将从以下几个方面为您详细解答：
一、入职合同丢失与办理退休的关系
入职合同，即劳动合同，是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。然而，在办理退休手续时，劳动合同并不是唯一的证明材料。退休手续的办理主要依据的是您的社保缴纳记录、个人身份证明以及可能的工龄证明等。因此，即使入职合同丢失，只要您能够提供其他足够的证明材料，如社保缴纳记录、工作证、工资单等，来证明您的工作经历和社保缴纳情况，您仍然可以办理退休手续。
二、入职合同丢失的合法性处理
合同丢失不等于劳动关系不存在：劳动合同的丢失并不意味着您与用人单位之间的劳动关系不存在。只要您能够提供其他证据证明您与用人单位之间存在事实劳动关系，如社保缴纳记录、工作证、同事证言等，您的劳动关系仍然受到法律保护。
可要求用人单位补办或出具证明：如果您的劳动合同丢失，您可以向用人单位提出补办劳动合同或出具劳动关系证明的要求。用人单位有义务配合您完成这些手续，以便您能够顺利办理退休等相关事宜。
法律保障：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有获得劳动报酬、休息休假、社会保险等权利。即使劳动合同丢失，这些权利仍然受到法律保护。用人单位不得因劳动合同丢失而拒绝为您办理退休手续或剥夺您的其他合法权益。
三、办理退休的具体流程
虽然入职合同丢失不会影响您办理退休的合法性，但为了确保退休手续的顺利办理，我建议您按照以下流程进行：
准备相关证明材料：包括个人身份证明、社保缴纳记录、工作证、工资单等能够证明您工作经历和社保缴纳情况的材料。
向用人单位提出申请：向您的用人单位提出办理退休手续的申请，并要求用人单位出具劳动关系证明或补办劳动合同（如果可能的话）。
前往社保部门办理手续：携带相关证明材料和用人单位出具的证明或补办的劳动合同，前往当地社保部门办理退休手续。
等待审核并领取养老金：社保部门会对您的申请进行审核，审核通过后，您就可以按照规定领取养老金了。
四、建议与总结
提前准备：为了避免因入职合同丢失而带来的不必要的麻烦，我建议您提前准备好其他能够证明您工作经历和社保缴纳情况的材料。
与用人单位沟通：与用人单位保持良好的沟通，及时提出补办劳动合同或出具劳动关系证明的要求，以便您能够顺利办理退休手续。
了解政策：了解当地的退休政策和办理流程，确保您能够按照规定顺利办理退休手续并领取养老金。
综上所述，入职合同丢失并不会影响您办理退休的合法性。只要您能够提供其他足够的证明材料来证明您的工作经历和社保缴纳情况，您仍然可以顺利办理退休手续并享受应有的养老金待遇。