当员工违反劳动合同并造成公司损失时，赔偿责任的承担是一个需要综合考虑多方面因素的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、员工赔偿责任
故意行为：
- 若员工故意违反劳动合同或公司制度，如为谋取私利泄露商业机密、故意损坏公司财物等，员工需承担赔偿责任。这种行为具有主观恶意，与公司损失存在直接因果关系。
重大过失行为：
- 员工因严重疏忽或未尽合理注意义务而违反劳动合同或公司制度，并造成损失时，也需承担责任。例如，仓库管理员因疏忽导致仓库被盗，或财务人员因失误导致公司资金损失等。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条和第九十条，劳动者严重违反用人单位规章制度或给用人单位造成损失的，应承担赔偿责任。
二、公司自身责任
制度不完善或未培训：
- 若公司制度存在缺陷、不明确或不合理，且未对员工进行充分培训，导致员工违规，公司也需承担一定责任。公司应确保制度的合法性、合理性及有效传达，并对员工进行必要的培训。
管理监督缺失：
- 公司管理层若未能有效监督和管理员工工作，及时发现和纠正违规行为，对损失扩大部分也需负责。公司应建立健全的管理监督机制，确保员工行为符合公司规定。
三、赔偿金额的计算与扣除
计算方式：
- 赔偿金额应根据实际损失确定，包括直接经济损失和间接经济损失。公司可以与员工协商确定赔偿金额，也可以通过法律程序确定。
扣除限制：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，从员工工资中扣除的赔偿部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是为了保护员工的合法权益，避免公司过度扣除工资。
四、确定赔偿责任的一般流程
调查事实：
- 公司应详细调查事件，包括损失金额、员工违规行为性质及程度、公司自身过错等。这是确定赔偿责任的基础。
协商解决：
- 基于调查结果，公司与员工可尝试协商达成赔偿协议。协商时应考虑双方经济状况、损失程度及过错比例等因素，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：
- 若协商不成，公司可通过劳动争议仲裁机构或法院提起诉讼，要求员工承担相应责任。仲裁机构或法院将综合判断并作出公正裁决。
五、实际操作建议
证据固定：
- 公司应及时收集并固定与经济损失有关的证据，如监控录像、财务记录、员工违规行为记录等。这些证据将在争议解决时发挥重要作用。
依法处理：
- 在处理赔偿问题时，公司应严格遵守相关法律法规，确保赔偿过程的合法性和合规性。避免采取非法手段或过度扣除员工工资等行为。
举例说明：
- 假设某公司员工因故意泄露商业机密导致公司损失10万元。根据法律规定和合同约定，员工需承担赔偿责任。公司可以与员工协商确定赔偿金额，如协商不成，则可通过法律途径解决。在赔偿过程中，公司应确保扣除的赔偿部分不超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
综上所述，员工违反劳动合同并造成公司损失时，赔偿责任的承担需综合考虑多方面因素。公司应建立健全的制度和管理监督机制，及时调查事实并固定证据，依法处理赔偿问题，以维护自身合法权益。