针对您提出的“员工违反劳动合同给公司造成5万损失要如何赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当员工因违反劳动合同或工作失误给公司造成经济损失时，员工确实有义务对此进行相应的赔偿。这一赔偿义务主要基于劳动合同中的约定以及企业内部规章制度的要求，同时也会考虑到过错的严重性和对企业所造成的实际损害程度。
一、赔偿责任的确定
合同条款与内部规定：企业应首先查阅与劳动者签订的劳动合同以及内部规章制度，看其中是否有关于员工因工作失误造成经济损失时赔偿责任的明确规定。
过错严重性与实际损害：在确定赔偿责任时，还需要考虑员工的过错严重性以及给公司造成的实际损害程度。如果员工的过失行为给公司带来了重大经济损失，那么赔偿责任可能会相应加重。
二、赔偿金额的确定
直接损失：通常来说，赔偿金额一般以直接损失为界限。在您的情况下，如果直接损失为5万元，那么员工可能需要赔偿这5万元。
间接损失：如果公司能够证明因为员工的失误还带来了额外的间接损失（如商誉受损、客户流失等），那么赔偿范围可能会扩大。但间接损失的证明和计算通常较为复杂，需要公司进行充分的举证。
三、赔偿方式的协商与法律途径
双方协商：在确定赔偿责任和金额后，双方可以一起商量怎么解决赔偿的事。这包括赔偿的期限、方式等。
法律途径：如果双方协商不成，公司可能会通过法律手段来要求赔偿。在法律诉讼时，法院会根据具体情况来判定赔偿责任和金额。
四、工资扣减的注意事项
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
五、特殊情况下的责任分担
如果员工的失误是由于公司管理不善、未提供完善的培训或工作流程有缺陷等因素导致的，那么公司自身也可能需要分担部分责任。在这种情况下，赔偿责任的划分可能会更加复杂。
综上所述，当员工因违反劳动合同或工作失误给公司造成5万元损失时，赔偿责任的确定、赔偿金额的计算以及赔偿方式的协商都需要综合考虑多种因素。建议您首先与公司进行沟通协商，如果无法达成一致，再考虑通过法律途径解决。同时，也建议您在未来的工作中更加谨慎小心，避免类似情况的发生。