植物新品种侵权案件主要由以下几个部门负责处理：

1. 农业农村主管部门：

   • 职责：农业农村主管部门是植物新品种保护的主要行政管理部门，负责植物新品种权的申请、授权、管理和保护工作。在侵权案件中，农业农村主管部门有权对侵权行为进行调查、取证，并依法作出行政处罚，如责令停止侵权行为、没收违法所得、罚款等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国植物新品种保护条例》及相关规定，农业农村主管部门在植物新品种保护方面享有广泛的行政权力。

2. 市场监督管理部门：

   • 职责：市场监督管理部门在植物新品种侵权案件中，主要负责对市场上的侵权行为进行监管和查处。如果侵权行为涉及市场销售、广告宣传等环节，市场监督管理部门将依法进行调查处理，维护市场秩序和消费者权益。
   • 法律依据：市场监督管理部门依据《中华人民共和国反不正当竞争法》、《中华人民共和国广告法》等相关法律法规，对植物新品种侵权行为进行监管和处罚。

3. 司法机关（法院）：

   • 职责：在植物新品种侵权案件中，如果当事人选择通过司法途径解决纠纷，法院将负责审理案件并作出判决。法院将依据相关法律法规，对侵权行为进行认定，并判决侵权人承担相应的民事责任，如赔偿损失、停止侵害等。
   • 法律依据：法院依据《中华人民共和国民法典》、《中华人民共和国植物新品种保护条例》以及相关司法解释，对植物新品种侵权案件进行审理和判决。

在处理植物新品种侵权案件时，各部门之间的协作与配合至关重要：

• 信息共享：各部门之间应建立信息共享机制，及时通报侵权案件的线索和进展情况，以便形成合力，共同打击侵权行为。
• 联合执法：在必要时，农业农村主管部门、市场监督管理部门和司法机关可以联合开展执法行动，对侵权行为进行集中打击和整治。
• 法律宣传与教育：各部门还应加强植物新品种保护的法律宣传和教育力度，提高公众对植物新品种保护的认识和重视程度，从源头上减少侵权行为的发生。

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