侵害新品种纠纷的处理是一个涉及法律、技术和市场等多方面因素的复杂问题。以下是对该问题的详细解答：

一、明确侵权行为与责任

首先，需要明确的是，未经品种权人许可，为商业目的生产或销售授权品种的繁殖材料，或者为商业目的将授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料，均构成侵犯植物新品种权的行为。在此类纠纷中，品种权人或利害关系人（如独占实施许可合同的被许可人）有权依法向人民法院提起诉讼，要求侵权人承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。

二、证据收集与鉴定

在处理侵害新品种纠纷时，证据收集与鉴定是关键环节。品种权人或利害关系人需要收集侵权行为的证据，如侵权产品的销售记录、宣传资料等。同时，对于涉及专门性问题的鉴定，可以由双方当事人协商确定的有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人进行鉴定；协商不成的，由人民法院指定的有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人鉴定。鉴定方法可以包括田间观察检测、基因指纹图谱检测等。

三、赔偿数额的确定

赔偿数额的确定是侵害新品种纠纷处理中的另一个重要问题。根据法律规定，人民法院可以根据被侵权人的请求，按照被侵权人因侵权所受损失或者侵权人因侵权所得利益确定赔偿数额。被侵权人请求按照植物新品种实施许可费确定赔偿数额的，人民法院也可以参照该植物新品种实施许可费合理确定赔偿数额。若难以确定赔偿数额，人民法院可以综合考虑侵权的性质、期间、后果等因素，在法定范围内确定赔偿数额。

四、惩罚性赔偿的适用

在民法典及《种子法》中，对于故意侵害他人知识产权且情节严重的行为，规定了惩罚性赔偿制度。这意味着，如果侵权人明知其行为构成侵权且情节严重，如试图掩盖侵权行为和逃避责任追究，人民法院可以依法适用惩罚性赔偿，按照计算基数的多倍确定惩罚性赔偿金额，以形成对恶意侵权行为的强有力威慑。

五、侵权物的处理

对于侵权物，人民法院可以根据当事人的请求进行处理。若被侵权人和侵权人均同意将侵权物折价抵扣被侵权人所受损失的，人民法院应当准许。若被侵权人或侵权人不同意折价抵扣的，人民法院可以责令侵权人对侵权物作消灭活性等使其不能再被用作繁殖材料的处理。但在某些特殊情况下，如侵权物正处于生长期或者销毁侵权物将导致重大不利后果的，人民法院可以不采取责令销毁侵权物的方法。

综上所述，处理侵害新品种纠纷需要明确侵权行为与责任、收集与鉴定证据、确定赔偿数额、适用惩罚性赔偿以及处理侵权物等多个环节。在处理过程中，应严格遵守法律法规和相关司法解释的规定，确保公正、公平地处理纠纷。