在方法专利侵权诉讼中，举证责任的分配是一个核心问题，它直接关系到诉讼的公正性和效率。以下是对举证责任分配的详细解答：

一、基本原则

专利侵权纠纷通常遵循“谁主张、谁举证”的原则。这意味着，如果一方主张另一方存在专利侵权行为，那么这一方就需要承担举证责任，即提供足够的证据来证明其主张的事实。这包括证明自身拥有合法有效的专利权、侵权人实施了侵权行为，以及侵权行为造成了损害结果。

二、特殊情况下的举证责任倒置

然而，在新产品制造方法发明专利侵权纠纷中，举证责任是倒置的。根据《专利法》的相关规定，如果专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利，那么制造同样产品的单位或个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。也就是说，在这种情况下，被控侵权人需要承担举证责任，证明其产品制造方法与专利方法不同，否则将被推定侵权。

三、法院调查取证

在某些情况下，当事人及其诉讼代理人可能因客观原因无法自行收集证据。这时，他们可以向法院申请调查取证。如果法院认为审理案件需要这些证据，或者当事人因客观原因确实无法自行收集，那么法院应当调查收集这些证据。这一规定确保了诉讼的公正性，防止因证据收集问题而导致不公正的判决。

四、涉及商业秘密的举证责任

如果专利侵权纠纷涉及商业秘密等原告难以举证的情况，法院可以根据实际情况要求被告提供相关证据。这体现了法院在举证责任分配上的灵活性和公正性，旨在确保诉讼的公平和效率。

五、建议

1. 保管好相关文件：专利权人应平时注意保管与专利相关的有效文件，以便在主张权利时能够快速举证。
2. 做好制造方法记录：对于企业而言，应做好自身制造方法的记录和保管工作，以避免在涉及新产品制造方法专利侵权纠纷时陷入举证困境。
3. 及时向法院诉求：如果涉及商业秘密等举证难题，应及时向法院提出合理诉求，由法院根据情况分配举证责任。

综上所述，在方法专利侵权诉讼中，举证责任的分配既遵循基本原则又考虑特殊情况。当事人应根据具体情况承担相应的举证责任，并充分利用法律提供的救济途径来维护自己的合法权益。