针对您提出的“按合同基数缴纳公积金是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
首先，我们需要明确的是，单位缴纳住房公积金的基数并非可以随意设定，而是需要遵循一定的法律规定。根据国务院《住房公积金管理条例》的相关规定，单位应当按时、足额缴存住房公积金，这里的“足额”指的是按照职工上一年度月平均工资作为缴存基数进行缴存，而不是简单地按照合同基数或者基本工资来缴存。
如果单位以职工基本工资或者合同基数作为缴存基数，而这个基数低于职工上一年度月平均工资，那么这种做法就是不合法的，因为它违反了“足额缴存”的原则。这种情况下，职工有权向单位提出异议，并要求单位按照法律规定调整缴存基数。
如果单位拒绝调整或者逾期不缴、少缴住房公积金，职工可以采取以下措施来维护自己的权益：
与单位核实缴存情况：职工可以先与单位的人力资源部门或者财务部门核实自己的住房公积金缴存情况，了解单位是否按照法律规定进行了足额缴存。
反映问题并要求补缴：如果发现单位存在漏缴、少缴的情况，职工可以向单位提出书面申请，要求单位为其办理住房公积金补缴手续。
向住房公积金管理中心投诉：如果单位拒绝补缴或者逾期不缴，职工可以向当地的住房公积金管理中心投诉，由住房公积金管理中心责令单位限期缴存。
申请人民法院强制执行：如果单位在住房公积金管理中心责令限期缴存后仍然不缴存，职工可以申请人民法院强制执行，通过法律手段来维护自己的权益。
此外，需要提醒的是，违规的单位一旦由人民法院强制执行缴存，强制执行的信息将录入人民银行征信系统，这将对单位以后的融资、贷款、业务拓展等造成不良影响。因此，单位和职工都应该自觉依法依规开户缴存住房公积金，切实履行法定义务。
综上所述，按合同基数缴纳公积金并不一定合法，关键在于这个基数是否等于或者高于职工上一年度月平均工资。如果低于这个标准，就是不合法的，职工有权采取相应措施来维护自己的权益。